国企员工贪污1000元，需根据具体情节和法律规定处理，可能涉及行政处分或刑事追责，具体分析如下：

1. 法律定性：贪污罪的立案标准与数额要求
   根据《刑法》第382条，贪污罪指国家工作人员利用职务便利侵吞、窃取、骗取公共财物。依据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》第1条，贪污罪的立案标准为3万元以上；数额在1万元以上不满3万元，但具有特定情节（如曾因贪污受贿受过处分、赃款用于非法活动等）的，也可立案。
   结论：贪污1000元未达刑事立案标准，通常不构成贪污罪，但需结合具体情节判断是否存在其他违法行为。

2. 行政处分：国企内部管理规定与纪律责任
   即使不构成犯罪，国企员工贪污行为仍违反《国有企业领导人员廉洁从业若干规定》及企业内部规章制度。根据《企业职工奖惩条例》（若企业沿用）或《劳动合同法》第39条，企业可对员工给予警告、记过、降级、撤职、开除等行政处分，并可要求退还违法所得。
   关键点：

   • 处分需依据企业规章制度，且制度需经民主程序制定并公示；
     
   • 若贪污行为伴随其他违规（如虚报费用、挪用资金），可能叠加处罚。

3. 民事赔偿与追缴：企业权益的救济途径
   根据《民法典》第1184条，员工需赔偿企业因贪污行为遭受的实际损失。企业可通过内部财务核查、审计等手段固定证据，要求员工返还1000元及可能产生的利息或损失。若员工拒不返还，企业可向劳动仲裁委员会申请仲裁或向法院提起民事诉讼。

4. 特殊情形：数额接近立案标准或情节恶劣的处理
   若贪污1000元但存在以下情形，可能被认定为“情节严重”，从而面临更严厉处罚：

   • 多次贪污（如累计多次贪污达1万元以上）；
     贪污款项用于赌博、行贿等非法活动；
     
   • 贪污行为导致企业重大损失或恶劣社会影响（如涉及扶贫、救灾资金）。
     处理建议：企业应立即报案，由公安机关调查是否构成其他犯罪（如职务侵占罪，立案标准为6万元以上，但情节恶劣时可酌情处理）。

行动建议：

1. 企业应第一时间固定证据（如财务记录、证人证言、员工陈述）；
   
2. 依据内部制度启动处分程序，同时要求员工退还赃款；
   
3. 若存在特殊情节，及时向公安机关报案并配合调查；
   
4. 完善内部合规制度，加强财务监督与员工廉洁教育。
   

如有进一步细节（如贪污手段、资金用途、员工职位等），可提供更多信息以便更精准分析。