针对员工挪用公款1000元的情况，以下是我为您提供的详细处理建议：

首先，需要明确的是，员工挪用公款1000元，这一金额并未达到刑事立案的标准。根据相关法律规定，挪用公款一万元至三万元才被视为“数额较大”的起点，因此，该员工的行为不构成犯罪，不需要承担刑事责任，但单位可以依法给予纪律处分。

接下来，公司可以采取以下措施来处理这一事件：

1. 要求退还挪用款项：

   • 公司应首先与该员工进行沟通，明确要求其退还挪用的1000元公款。

2. 固定证据并提起民事诉讼（如员工拒绝退还）：

   • 如果员工拒绝退还挪用款项，公司可以通过内部审计等程序固定相关证据，如挪用款项的账目记录、员工承认挪用的材料等。
   • 公司可以以不当得利为由，向法院提起民事诉讼，追讨被挪用的公款。

3. 给予纪律处分：

   • 根据公司内部的规章制度和员工手册，公司可以视情节严重程度，对该员工进行纪律处分，如警告、罚款、调岗等。

4. 完善财务管理制度：

   • 公司应借此机会完善财务管理制度，加强对员工的监督，避免类似事件再次发生。
   • 例如，可以明确财务审批流程，规定不同金额的款项审批权限；加强对财务人员的培训，提高其风险意识和业务能力；建立定期财务检查制度，及时发现和纠正潜在问题。

5. 保留相关证据：

   • 在整个处理过程中，公司应妥善保留所有相关证据，以备后续可能出现的法律纠纷或审计需求。

综上所述，对于员工挪用公款1000元的情况，公司应首先要求员工退还挪用款项，并根据公司规章制度给予纪律处分。如员工拒绝退还，公司可通过法律途径追讨款项，并借此机会完善财务管理制度，加强监督，以保障公司财务安全。