针对您提出的“员工挪用公款5000元怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，无论挪用金额大小，员工挪用公款都是违法行为，公司应当依法依规进行处理。针对您提到的5000元这一具体数额，虽然它可能未达到某些刑事犯罪的立案标准，但仍然需要公司采取严肃的态度和有效的措施来应对。
一、法律层面的分析
非国家工作人员：
- 若员工所在单位为非国有单位，其挪用资金行为可能涉嫌挪用资金罪。但根据相关法律规定，挪用资金进行非法活动或营利活动，且数额达到一定标准（如非法活动六万元以上，营利活动十万元以上）才构成犯罪。因此，5000元通常未达到刑事立案标准。
国家工作人员：
- 若员工属于国家工作人员范畴，其挪用公款行为可能涉嫌挪用公款罪。但同样，根据相关司法解释，挪用公款进行非法活动或营利活动，且数额达到一定标准（如非法活动三万元以上，营利活动五万元以上）才构成“数额较大”。所以，5000元也未达到挪用公款罪的刑事立案标准。
二、公司应采取的具体处理措施
内部调查与证据收集：
- 公司应立即成立专门的调查小组，对员工挪用公款的事实进行全面调查，并收集相关证据，如财务记录、交易流水、员工工作记录等，以确保处理过程的公正性和准确性。
纪律处分与沟通：
- 一旦确认员工存在挪用公款行为，公司应根据内部规章制度对其进行相应的纪律处分，如警告、记过、降职、辞退等。同时，与员工进行深入沟通，了解其挪用公款的原因和具体情况，以便采取更针对性的后续措施。
要求退还公款及利息/赔偿金：
- 公司必须坚决要求员工退还挪用的公款，并根据实际情况要求其支付相应的利息或赔偿金，以最大程度地减少公司的经济损失。
报案与配合调查：
- 尽管5000元未达到刑事立案标准，但公司仍可以向当地公安机关报案，由公安机关依法进行调查和处理。在此过程中，公司应积极配合公安机关的工作，提供必要的协助和支持，以维护公司的合法权益。
加强法律教育与培训：
- 为预防类似事件再次发生，公司应加强对员工的法律教育和培训，提高他们的法律意识，使其明确了解挪用公款的严重性和后果，从而增强员工的法律素养和职业道德观念。
完善财务管理制度：
- 公司还应进一步完善内部财务管理制度，加强财务监管和审计力度，确保公司资产的安全和完整。这包括建立健全的内部控制制度、加强对关键岗位的监督和管理、定期对财务状况进行检查和评估等措施，以从制度上防范类似事件的发生。
三、结论
综上所述，员工挪用公款5000元虽然未达到刑事案件的标准，但仍属于违法行为。公司应依法依规进行处理，通过内部调查、纪律处分、要求退还公款及利息/赔偿金、报案与配合调查以及加强法律教育与培训和完善财务管理制度等措施来维护公司的合法权益和资产安全。希望这些建议能对您有所帮助。