员工挪用公款5400元，用人单位可依据内部规章制度和法律规定采取以下措施：

1. 内部处理
   根据《劳动合同法》第三十九条，若员工行为严重违反用人单位规章制度（如财务制度中明确禁止挪用资金），用人单位可单方解除劳动合同且无需支付经济补偿。

   • 操作要点：
     
     • 确认公司规章制度中是否明确将“挪用公款”列为严重违纪行为；
       
     • 收集员工挪用资金的证据（如转账记录、审批流程缺失证明等）；
       
     • 通知工会并履行法定解除程序（如提前30日书面通知或支付代通知金）。

2. 追偿损失
   根据《民法典》第一千一百六十五条，用人单位可要求员工返还挪用的5400元及可能产生的利息或实际损失（如资金占用期间的融资成本）。

   • 操作要点：
     
     • 发送书面催告函要求限期返还；
       
     • 若员工拒不返还，可向法院提起民事诉讼（需准备劳动合同、挪用证据、催告记录等材料）。

3. 刑事报案（视情节）
   根据《刑法》第二百七十二条，挪用资金罪的立案标准为“数额较大”（通常为10万元以上，但部分地区可能更低）。5400元未达刑事立案标准，但若存在多次挪用、用于非法活动等情节，可能构成其他犯罪（如职务侵占罪需6万元以上）。

   • 操作要点：
     
     • 向公安机关经济犯罪侦查部门报案，提交挪用证据、公司损失证明等材料；
       
     • 即使未达刑事标准，公安机关仍可能介入调解或行政处罚。

4. 劳动仲裁防范风险
   若用人单位以“严重违纪”解除合同，员工可能申请劳动仲裁主张违法解除赔偿金。此时需重点证明：

   • 规章制度经民主程序制定并公示；
     
   • 员工行为与制度条款严格对应；
     
   • 解除程序合法（如通知工会、听取申辩等）。

建议行动顺序：

1. 立即固定证据（如冻结相关账户、调取转账记录）；
   
2. 发送书面返款通知并保留送达证据；
   
3. 根据员工态度决定是否启动内部处分或报案；
   
4. 同步咨询律师审查规章制度合法性，降低仲裁败诉风险。
   

如需进一步分析具体证据或操作细节，可随时向我补充说明情况。