员工贪钱1000元，用人单位可依据内部规章制度和法律规定进行处理，具体处理方式需结合实际情况判断。以下是详细分析：

1. 内部处理依据与程序
   根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可解除劳动合同。若公司规章制度明确将“贪污1000元及以上”列为严重违纪行为，且该制度已通过民主程序制定并公示（如员工手册签字确认、培训记录等），公司可依据制度直接解除劳动合同，无需支付经济补偿。
   操作建议：立即固定证据（如监控录像、签字确认的贪污记录、财务核对单据等），按制度流程启动调查，通知工会（如有），最终出具书面解除通知。

2. 法律风险与合规要点
   若公司无相关规章制度，或制度未明确1000元属于“严重违纪”，直接解除劳动合同可能被认定为违法解除，需支付2N赔偿金（N为工作年限对应的月工资）。此时更稳妥的处理方式是：

   • 要求返还：通过书面通知要求员工返还1000元，并保留送达证据（如EMS邮寄回执、微信确认记录）；
     
   • 纪律处分：根据情节轻重给予警告、记过等处分，并计入员工档案；
     
   • 报警处理：若员工拒不返还且金额达到当地盗窃罪立案标准（如上海为2000元，但部分地区1000元可能构成治安案件），可向公安机关报案，通过刑事手段追责。

3. 特殊情形处理

   • 员工认罪态度：若员工主动承认错误并全额返还，公司可酌情减轻处分（如降为警告），但需书面确认避免后续争议；
     
   • 金额累计：若发现员工存在多次贪污行为（如每次几百元但累计超1000元），可按累计金额定性，增强解除合同的合法性；
     
   • 职务关联性：若员工利用职务便利贪污（如出纳私自转账），可能涉嫌职务侵占罪（立案标准6万元），公司可直接报警并配合调查。

总结建议：优先核查公司规章制度是否覆盖该情形，若无则以追回损失为主，同时完善制度防患未然。处理过程中务必保留完整证据链，避免因程序瑕疵引发劳动争议。如有进一步细节需要分析，可直接向我咨询。