员工贪污3万元，用人单位可依法解除劳动合同并追究其法律责任，同时需注意程序合法性及证据固定。具体处理方式如下：

1. 内部处理：解除劳动合同
   根据《劳动合同法》第三十九条，员工严重违反用人单位规章制度或严重失职、营私舞弊给单位造成重大损害的，用人单位可单方解除劳动合同且无需支付经济补偿。

   • 操作要点：
     
     • 确认公司规章制度中明确将“贪污”列为严重违纪行为，并规定相应处罚措施；
       
     • 固定证据（如监控录像、财务记录、员工自认书等）；
       
     • 通知工会（如有）并履行书面解除程序。
       
   • 风险提示：若证据不足或程序违法，可能被认定为违法解除，需支付赔偿金（2N）。

2. 刑事追责：报案并配合调查
   贪污3万元可能涉嫌《刑法》第二百七十一条规定的职务侵占罪（非国家工作人员利用职务便利侵占财物）：

   • 立案标准：职务侵占罪的立案追诉标准为6万元以上（部分地区可能更低），但若存在多次贪污、携带凶器贪污等情节，可能降低入罪门槛。
     
   • 操作建议：
     
     • 立即向公安机关经侦部门报案，提交证据材料；
       
     • 配合调查，提供财务记录、证人证言等；
       
     • 若员工退赔赃款，可作为从轻情节。
       
   • 风险提示：若证据不足或金额未达刑事标准，公安机关可能不予立案，此时可转向民事追偿。

3. 民事追偿：要求返还财产并赔偿损失
   即使不构成犯罪，用人单位仍可依据《民法典》第一百二十二条（不当得利）或第九百八十五条（侵占财产）要求员工返还贪污款项，并赔偿因贪污导致的直接损失（如利息、额外支出等）。

   • 操作建议：
     
     • 发送律师函催告返还；
       
     • 向法院提起民事诉讼，申请财产保全；
       
     • 结合刑事案件结果（如退赔）调整民事诉求。

4. 合规建议：预防未来风险

   • 完善内部财务制度，明确审批流程和权限；
     
   • 定期审计，对关键岗位实施轮岗或监督；
     
   • 在劳动合同或规章制度中明确贪污行为的后果，并组织员工学习。

总结：处理员工贪污需兼顾“内部纪律”与“法律追责”，优先固定证据、完善程序，再根据金额和情节选择刑事报案或民事追偿。如有具体证据或程序疑问，可进一步向我咨询。