员工贪钱1000元，用人单位可依据内部规章制度及法律规定，采取以下处理措施：

1. 内部处理

   • 调查核实：用人单位应首先对员工贪污行为进行调查核实，收集相关证据，如监控录像、交易记录、证人证言等，确保事实清楚、证据确凿。
   • 依据规章制度处理：若用人单位内部规章制度明确规定了贪污行为的处罚措施，如警告、罚款、解除劳动合同等，可依据规章制度对员工进行处理。但需注意，罚款金额应合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
   • 教育挽救：对于初犯且情节较轻的员工，用人单位可考虑给予其改正的机会，通过批评教育、要求退还贪污款项等方式进行挽救。

2. 法律途径

   • 报警处理：若员工贪污行为涉嫌犯罪，如职务侵占罪等，用人单位可向公安机关报案，由公安机关依法进行侦查、起诉和审判。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。虽然1000元可能未达到职务侵占罪的刑事立案标准（具体标准因地区而异），但若存在多次贪污或与其他违法行为并存的情况，仍可能构成犯罪。
   • 民事诉讼：若员工贪污行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可依法向人民法院提起民事诉讼，要求员工赔偿损失。在诉讼过程中，用人单位需提供充分的证据证明员工存在贪污行为及因此造成的损失。

3. 预防措施

   • 完善内部管理：用人单位应建立健全内部管理制度，加强对员工的教育、管理和监督，防止类似事件再次发生。
   • 加强财务监管：用人单位应加强对财务活动的监管，确保资金安全、合规使用。例如，建立严格的审批流程、定期进行财务审计等。
   • 提高法律意识：用人单位应定期组织员工进行法律培训，提高员工的法律意识和职业道德水平，增强员工对法律法规的敬畏之心。