针对您提出的“员工贪污店里5000元怎么处理”的问题，以下是我根据我国相关法律法规给出的详细解答：
一、明确处理原则
员工贪污店里5000元，这一行为首先违反了公司的规章制度，同时也可能触犯了法律法规。因此，处理这一事件时，需要综合考虑民事、行政及刑事多个层面的责任。
二、民事层面处理
公司内部处理：
- 公司应依据内部规章制度，对涉事员工进行严肃处理。这可能包括责令其退还所贪污的款项、给予警告、罚款、降职、降薪，甚至解除劳动合同等。
- 如果劳动合同中有明确约定关于此类不当行为的违约责任，员工还需按照合同承担相应的责任。
民事赔偿诉讼：
- 公司有权通过民事诉讼途径，要求员工返还侵占的5000元款项，并可以主张因此造成的其他直接经济损失。
- 在提起诉讼时，公司需要提供充分的证据来证明员工侵占财物的事实，如财务记录、交易凭证、证人证言等。
三、行政层面处理
- 即使员工贪污的数额未达到刑事立案的标准，但如果其行为情节较重或违反了《治安管理处罚法》，公安机关有权对其实施行政拘留，并处以罚款。
- 同时，员工所在单位或上级主管机关也可以根据公司的规章制度，给予其相应的行政处分，以维护公司的秩序和纪律。
四、刑事层面处理（视具体情况而定）
职务侵占罪与贪污罪的界定：
- 对于非国有公司、企业或其他单位的员工，如果利用职务便利侵占公司财物，且达到当地规定的数额标准（一般三万元以上），可能构成职务侵占罪。虽然5000元通常未达到此标准，但如果存在多次侵占等情节严重的情况，也可能被追究刑事责任。
- 对于国有企业等国有单位的员工，如果侵吞公司财物5000元，并具有特定情形（如曾因贪污、受贿受过处分等），则可能涉嫌贪污罪。
量刑标准与悔过表现：
- 如果员工的行为构成犯罪，根据贪污数额和情节轻重，可能面临一年以上七年以下有期徒刑的刑罚。情节严重者，刑罚可能更重。
- 如果员工在犯罪后能够真诚悔过并积极退还赃款，法院在量刑时会考虑这一因素，可能酌情减轻处罚或免予刑事处罚。但即便如此，员工仍可能受到行政处分。
五、综合建议
公司应加强内部管理：
- 建立健全的财务管理制度和监督机制，防止类似事件再次发生。
- 加强对员工的法律教育和职业道德培训，提高员工的法律意识和道德水平。
涉事员工应积极配合处理：
- 如果员工确实存在贪污行为，应主动承认错误并积极退还赃款，以争取从轻处理。
- 配合公司和相关部门的调查工作，如实陈述事实经过。
寻求法律帮助：
- 如果公司在处理过程中遇到法律难题或需要法律支持，可以寻求专业律师的帮助。
- 涉事员工如果认为自己的权益受到侵害或对处理结果有异议，也可以依法寻求法律救济。
综上所述，员工贪污店里5000元是一个严重的问题，需要公司、员工和相关法律部门共同努力来妥善处理。希望以上解答能对您有所帮助。