当工程整体转包合同被认定为无效，且工程尚未完成时，对于未完工程的结算问题，我们需要综合考虑多个因素来确保各方权益得到合理保障。以下是一个详细且深入的处理流程和建议：

一、明确法律依据与处理原则

首先，我们要明确的是，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》等相关法律法规，建设工程施工合同无效但工程经验收合格的，可参照合同折价补偿；若不合格，则需按修复情况处理。在处理此类问题时，我们应遵循以下原则：

1. 质量优先：已完成的工程质量是结算的基础，其合格与否将直接影响价款的支付。
2. 协商为主：鼓励双方通过友好协商解决争议，这有助于节省时间和成本，并维护双方的关系。
3. 市场导向：在无法协商或合同无明确约定时，应参考市场价格或行业标准进行结算。
4. 过错责任：考虑双方的过错程度，合理分配责任和损失。

二、具体处理方法

1. 评估已完成工程量：

   • 委托专业的造价机构或鉴定机构对已完成工程量进行评估。这一步骤至关重要，因为它能确保评估结果的准确性和公正性，为后续的结算提供可靠依据。

2. 协商处理：

   • 在评估结果的基础上，双方应尝试通过协商达成一致的结算意见。在协商过程中，应充分考虑实际成本、市场行情以及双方的过错责任等因素。

3. 参考市场价格或合同约定：

   • 如果协商无果，双方可以参考当地建设行政主管部门发布的计价方法或标准，或者根据合同中关于工程价款的约定（如果仍具有参考价值）进行结算。

4. 考虑过错责任：

   • 分析导致合同无效的原因，如非法转包、设计图纸错误等。根据双方的过错程度，合理分配责任和损失。例如，如果发包方提供的设计图纸存在错误导致工程质量问题，那么承包方在修复后有权要求发包方承担修复费用，并按约定支付工程款。

5. 诉讼或仲裁：

   • 如果双方无法通过协商解决争议，那么可以选择通过诉讼或仲裁途径来寻求法律救济。法院或仲裁机构将依据法律法规和事实情况作出裁决，确保结算的合法性和公正性。

三、实例分析与应用指导

以一个具体案例为例，假设某转包合同因非法转包而被认定为无效，且工程尚未完成。此时，承包方应首先委托专业机构对已完成工程量进行评估。然后，与发包方进行协商，尝试达成一致的结算意见。如果协商无果，可以参考市场价格或行业标准进行结算，并考虑双方的过错责任。如果发包方存在过错，如提供的设计图纸有误，那么承包方在修复后有权要求发包方承担相应责任。如果争议仍然无法解决，那么可以通过诉讼或仲裁途径来寻求法律救济。

综上所述，处理工程整体转包合同无效且工程未完工的结算问题时，我们应遵循明确的法律依据和处理原则，通过评估、协商、参考市场价格或合同约定以及考虑过错责任等方式来确保结算的公正性和合理性。同时，鼓励双方通过友好协商解决争议，以减少不必要的法律纠纷和成本支出。