结论前置：三方协议只有用人单位盖章而学校未盖章时，该协议在一般情况下不生效。但若协议中有特殊约定排除学校盖章作为生效要件，且该约定不违反法律法规，或者存在实际履行行为且被对方接受，则协议在毕业生和用人单位之间可能具有法律效力。
详细分析：
三方协议生效的一般原则：
- 三方协议，作为明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业中权利和义务的书面文件，通常需要三方共同签字或盖章才能生效。这是因为学校的盖章不仅代表对协议内容的认可，也是合同成立的重要标志之一，同时体现了学校在毕业生就业过程中的监督和管理角色。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同书形式的合同需经各方当事人签名、盖章或者按指印后方能成立。因此，在三方协议中，学校、毕业生和用人单位三方的签字或盖章是协议生效的基本条件。
学校未盖章时的特殊情况分析：
- 协议可能无效：在一般情况下，如果学校未在三方协议上盖章，该协议通常不具有法律效力。因为学校的盖章是协议生效的重要一环，缺乏学校的盖章，协议可能无法得到学校的认可和支持，进而影响协议的履行和毕业生的相关手续办理。
- 特殊约定可能生效：如果协议中明确规定了除学校盖章外的其他生效条件，并且这些条件已经得到满足（如双方签字盖章即生效），那么即使学校未盖章，协议在毕业生和用人单位之间仍可能具有法律效力。但这种情况下，学校可能不会提供相关的手续办理支持，如签发就业报到证等。
- 实际履行行为的影响：在某些情况下，尽管学校未签字，但毕业生已实际到用人单位报到并开始工作，用人单位也接受了毕业生并履行了相应的义务（如安排工作、发放工资等）。根据《民法典》中关于合同实际履行的规定，这种以实际行动履行协议主要义务的行为，可能会被法院认定为协议已经生效并实际履行。然而，这种情况在司法实践中需要结合具体证据和实际情况由法院来最终判定。
实际操作建议：
- 毕业生在签署三方协议时，应确保三方（毕业生、用人单位、学校）都已签字或盖章，以避免后续可能出现的法律纠纷。
- 如遇学校未盖章的情况，毕业生应及时与学校沟通，了解原因并寻求解决方案。如果学校因故无法及时盖章，毕业生和用人单位可以协商签订补充协议来确保双方权益得到保障。
- 在整个过程中，毕业生应保留好相关证据和文件，如协议文本、沟通记录等，以备不时之需。
法律后果提示：
- 如果三方协议因学校未盖章而无效，毕业生和用人单位可能需要重新协商并签订新的协议，或者采取其他措施来确保双方权益得到保障。
- 如果毕业生和用人单位已经按照无效的协议履行了部分或全部义务，可能会面临无法获得相应权益或承担违约责任的风险。
进一步思考：
- 毕业生在签署三方协议前，应仔细阅读协议内容，特别是关于生效条件和各方权利义务的条款，确保自己的权益得到充分保障。
- 如果对协议内容有任何疑问或不确定之处，毕业生应及时向学校或用人单位咨询，并在必要时寻求专业法律人士的帮助。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。