结论：三方协议只签两方，学校未盖章的情况下，协议通常不生效，但具体还需根据协议内容及实际履行情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、三方协议生效的基本原则
共同签署要求：三方协议，作为明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中权利和义务的书面协议，其生效通常需要三方的共同签署，即毕业生、用人单位和学校均需在协议上签字或盖章。这是协议完整性和有效性的重要组成部分。
协议内容决定效力：协议中是否明确规定了生效条件至关重要。如果协议中明确规定“需三方全部签字或盖章才能生效”，则任何一方的缺失都会导致协议无效。相反，若协议中有特殊约定，如“本协议经毕业生和用人单位签字或盖章后即生效，无需学校签字”，则即使学校未签字，协议也可按约定生效。不过，这种情况在实践中较为少见，且需确保该约定不违反法律法规的强制性规定。
二、学校未盖章对协议效力的影响
一般情况下的无效性：在大多数情况下，如果学校未在三方协议上盖章，该协议通常被视为未生效。因为学校的盖章不仅代表对协议内容的认可，也是合同成立的重要标志之一，同时体现了学校在毕业生就业过程中的监督和管理角色。
实际履行行为的影响：尽管学校未盖章，但如果毕业生已实际到用人单位报到并开始工作，用人单位也接受了毕业生并履行了相应的义务（如安排工作、发放工资等），根据《民法典》中关于合同实际履行的规定，这种以实际行动履行协议主要义务的行为，可能会被法院认定为协议已经生效并实际履行。然而，这种情况在司法实践中需要结合具体证据和实际情况由法院来最终判定。
三、特殊情况下的处理建议
协商补充协议：若因学校原因无法及时盖章，毕业生和用人单位可以协商签订补充协议来确保双方权益得到保障。补充协议应明确双方的权利和义务，以及因学校未盖章而产生的潜在风险和责任分担方式。
寻求法律帮助：如果毕业生和用人单位对协议的效力存在争议，或者因学校未盖章而面临权益受损的风险，建议及时寻求法律帮助。作为专业律师，我可以根据具体情况提供法律意见和解决方案。
四、法律建议与风险提示
仔细审查协议内容：在签订三方协议前，毕业生和用人单位应仔细审查协议内容，确保其合法性和完整性。特别是要关注协议中的生效条件、违约责任等关键条款。
及时沟通与协商：如果遇到学校未及时盖章的情况，应及时与学校沟通了解原因，并尽快完成盖章手续。若因特殊原因无法完成盖章手续，双方应协商采取其他措施确保协议的有效性和双方权益的保护。
保留相关证据：在整个过程中，保留好相关证据和文件是非常重要的。这些证据和文件可能包括协议文本、沟通记录、实际履行情况的证明等，以备不时之需。
最后，三方协议的生效与否取决于具体的协议内容和各方的签署情况。在签署三方协议时，应特别注意协议中的生效条件和条款合法性。如有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，以确保自身权益得到充分保障。