结论：三方协议都已签章但未交给学校，一般情况下协议尚未完全生效，但具体还需看协议中的生效条款约定。以下是对此问题的详细分析：
一、三方协议生效的基本原则
- 共同签署要求：三方协议，作为毕业生、用人单位和学校之间的约定，通常需要三方均签字或盖章后才能生效。这是协议完整性和有效性的重要组成部分。
- 协议内容决定效力：协议中是否明确规定了生效条件至关重要。如果协议中明确规定“需三方全部签字或盖章才能生效”，则任何一方的缺失都会导致协议未完全生效。相反，若协议中有特殊约定，如“本协议经毕业生和用人单位签字或盖章后即生效，无需学校签字”，则即使学校未签字，协议也可按约定生效。但这种情况在实践中较为少见。
二、未交给学校可能带来的影响
- 对学校的影响：学校无法确认协议的有效性，这可能会影响就业派遣、档案转接等后续手续的办理。
- 对公司的潜在风险：若学生最终未履约，公司可能面临招聘成本损失及岗位空缺问题。
- 对学生的影响：在协议未完全生效的情况下，学生若违约可能需承担的责任相对较轻，但仍需根据协议具体内容来确定。同时，未及时提交学校可能影响毕业派遣等手续，进而对学生的就业产生不利影响。
三、建议处理方案
优先完成协议签署流程：
- 尽快将已盖章的协议交至学校就业指导中心审核并加盖公章，以确保协议完全生效。
- 仔细核对协议中关于生效时间的条款，确保流程合规。
若需变更或解除协议：
- 与公司协商，说明情况，争取达成书面解除协议或修改条款的共识。
- 遵循法定程序，根据《民法典》的相关规定，协商一致可解除合同；若单方解约，需提前通知对方并按协议约定承担责任。
- 及时告知学校协议变更情况，避免影响毕业派遣。
保留证据以规避纠纷：
- 保存与公司、学校的邮件、短信等往来凭证，以备不时之需。
- 所有协商结果均需形成书面文件并由双方签字确认，以确保其法律效力。
四、注意事项
- 时间节点把控：关注学校规定的协议提交截止日期，避免因延误影响毕业手续。
- 违约金计算：若协议约定违约金，需提前核算金额并做好财务准备。
- 法律咨询：在处理此类问题时，如有任何疑问或不确定之处，可直接向我咨询，以确保处理方式合法合规。
法律依据：
- 《中华人民共和国民法典》第四百九十条：当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。
- 《中华人民共和国民法典》第五百六十二条：当事人协商一致，可以解除合同。当事人可以约定一方解除合同的事由。解除合同的事由发生时，解除权人可以解除合同。
综上所述，三方协议都已签章但未交给学校，其法律效力需根据协议中的具体条款来确定。为确保协议的有效性和各方权益的保障，建议尽快完成协议的签署流程，并在处理过程中保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。