针对您提出的“毕业生签三方协议不交给学校盖章是否有效”的问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确三方协议的基本构成和生效条件。三方协议，即毕业生、用人单位和学校三方共同签订的就业协议书，它明确了三方的权利和义务。根据一般的协议生效原则，以及您提供的参考信息中广东省教育厅的说明，就业协议书里学校属于鉴证方，协议书通常注明“本协议经甲乙双方（即毕业生和用人单位）签字盖章后生效”。这意味着，在大多数情况下，只要毕业生和用人单位双方已经签字盖章，该协议就已经具备了法律效力，学校盖章并非协议生效的必要条件，但它是协议完整性和正式性的一部分，也代表了学校对毕业生就业意向的认可。
然而，在实际操作中，学校盖章往往被视为协议生效的一个重要环节，因为学校作为教育机构，有责任对毕业生的就业情况进行管理和指导。此外，一些学校可能还有自己的规定，要求三方协议必须经学校盖章后才能作为办理毕业手续、派遣等事宜的依据。
针对您的情况，如果您已经和用人单位签字盖章，但尚未将协议交给学校盖章，从法律角度来看，该协议在您和用人单位之间已经生效。但如果您所在的学校有明确规定要求学校盖章后协议才生效，或者您需要学校盖章来办理相关毕业手续，那么您就需要尽快将协议交给学校盖章。
另外，关于您提到的违约问题，如果您因为身体原因无法接受夜班工作，不想去这家单位了，这确实可能涉及到违约。但具体是否需要赔偿违约金，还需要看您和用人单位签订的协议中是否有相关违约条款，以及这些条款是否合法有效。如果协议中有明确的违约条款，并且您的情况符合该条款的约定，那么您可能需要按照协议约定赔偿违约金。但如果您认为违约条款不合法或不合理，您可以与用人单位进行沟通协商，或者向学校就业管理部门求助，甚至向劳动仲裁部门申诉。
综上所述，我建议您：
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。