公司变更员工手册后，其是否继续有效主要取决于变更的程序和内容是否合法合规。以下从不同角度为你详细分析：
变更程序合法合规的情况
民主程序与公示程序
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条的规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。
- 用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。如果公司变更员工手册遵循了上述民主程序，并且将变更后的内容进行了公示或者告知了劳动者，那么变更后的员工手册是合法有效的，对劳动者具有约束力。
- 举例：公司决定变更员工手册中关于加班工资计算方式的规定。公司先召开了职工代表大会，让职工代表对新的加班工资计算方式进行讨论并提出意见，然后与工会进行平等协商确定了最终方案。之后，公司将变更后的员工手册在公司内部公告栏进行了公示，并组织员工进行了学习。这种情况下，变更后的员工手册就是有效的。
内容合法性
- 变更后的员工手册内容必须符合国家法律法规的规定，不得与法律法规相抵触。如果变更后的内容违反了法律法规的强制性规定，那么这部分内容是无效的。
- 举例：公司变更员工手册，规定员工在试用期内不享受社会保险待遇。这种规定明显违反了《中华人民共和国社会保险法》中关于用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记的规定，因此该部分内容无效。
变更程序不合法合规的情况
未履行民主程序
- 如果公司变更员工手册没有经过职工代表大会或者全体职工讨论，也没有与工会或者职工代表平等协商确定，那么变更后的员工手册在程序上是违法的，可能不会被认定为有效。
- 举例：公司老板直接决定变更员工手册中的考勤制度，增加了迟到罚款的金额，没有与员工进行任何讨论和协商，也没有告知员工变更的原因和依据。这种情况下，员工可以主张变更后的考勤制度无效。
未进行公示或告知
- 即使公司变更员工手册的程序合法，但如果没有将变更后的内容公示或者告知劳动者，劳动者不知道变更后的规定，那么这些规定对劳动者也不具有约束力。
- 举例：公司变更了员工手册中关于年假天数的规定，但没有在公司内部进行公示，也没有组织员工学习。员工仍然按照原来的员工手册规定享受年假，公司不能以变更后的规定为由拒绝员工享受年假或者减少年假天数。
特殊情况
如果公司变更员工手册是为了更好地保障劳动者的权益，例如提高了福利待遇、加强了劳动保护等，即使变更程序存在一些小瑕疵，一般情况下也会被认定为有效，因为这种变更符合法律的精神和目的。
建议：如果你对公司变更员工手册的有效性存在疑问，可以先查看公司变更员工手册的程序是否合法合规，内容是否符合法律法规的规定。如果发现存在问题，可以与公司进行沟通协商，要求公司纠正。如果协商不成，你可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。有问题直接向我咨询。