结论：员工有几天不干活，公司发最低工资是否合法，需根据具体情况判断，包括员工不干活的原因、公司规章制度以及相关法律法规的规定。
分析：
员工不干活的原因：
- 非员工过错：如果员工因公司原因（如设备故障、原材料短缺等）或不可抗力（如自然灾害、疫情等）导致无法正常工作，且非员工个人过错，那么公司应按照正常工资标准支付工资，而非最低工资。
- 员工过错：如果员工因个人原因（如旷工、违反公司规章制度等）导致无法正常工作，公司有权根据规章制度进行处罚，包括扣减工资。但扣减后的工资不得低于当地最低工资标准，除非法律法规或公司规章制度有特别规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定。
公司规章制度：
- 公司应制定明确的规章制度，规定员工在何种情况下可以扣减工资，以及扣减的幅度和方式。这些规章制度应经过民主程序制定，并向员工公示或告知，以确保其合法性和有效性。
- 如果公司规章制度中明确规定了员工在特定情况下（如旷工）可以扣减工资至最低工资标准，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照规章制度执行是合法的。
相关法律法规：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者在法定工作时间内提供了正常劳动的，用人单位应支付不低于当地最低工资标准的工资。但这里的“正常劳动”应理解为劳动者按照用人单位的安排和要求，在法定工作时间内从事的劳动。
- 如果员工因个人原因未提供正常劳动，且公司规章制度或劳动合同中有明确规定，那么公司可以按照规定扣减工资。但扣减后的工资仍应保证员工的基本生活需要，不得低于当地最低工资标准的某个合理比例（具体比例可能因地区而异，需参考当地法律法规或政策）。然而，在大多数情况下，除非有特别规定，否则直接扣减至最低工资标准可能面临法律风险。
建议：
- 对于公司：应制定合法、合理的规章制度，明确员工在何种情况下可以扣减工资以及扣减的幅度和方式。同时，应确保规章制度的制定过程符合民主程序，并向员工公示或告知。在执行规章制度时，应确保不违反法律法规的强制性规定，保障员工的合法权益。
- 对于员工：如果认为公司扣减工资的行为不合法或不合理，可以与公司进行协商沟通，要求公司说明扣减工资的原因和依据。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果公司扣减工资的行为违反法律法规或公司规章制度，可能面临劳动监察部门的处罚或员工的法律诉讼，需要承担相应的法律责任。
- 如果员工因公司扣减工资而提起法律诉讼，且法院认定公司行为违法，公司可能需要支付拖欠的工资、经济补偿金等费用，并可能面临声誉损失等不利后果。
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