结论：当主合同里约定了仲裁而补充协议里约定了另外一个仲裁机构时，这通常涉及到仲裁协议的效力问题，需要分情况讨论并采取相应的处理措施。

分析：

1. 仲裁协议独立性原则：

   • 仲裁协议具有独立性，即主合同中的仲裁条款或补充协议中的仲裁条款，其效力不受主合同其他条款或补充协议其他内容的影响。若主合同和补充协议中的仲裁条款相互冲突，需要分别审视其各自的效力。

2. 仲裁条款冲突的处理：

   • 情况一：若补充协议明确修改或替代了主合同中的仲裁条款：
     • 在这种情况下，应视为双方对仲裁机构的选择达成了新的合意，补充协议中的仲裁条款应优先适用。但需注意，这种修改或替代必须明确无误，且不违反法律法规的强制性规定。
   • 情况二：若补充协议未明确修改或替代主合同中的仲裁条款，而是另行约定了仲裁机构：
     • 这可能导致仲裁条款之间的冲突。此时，需要判断双方的真实意图。如果双方在补充协议中并未明确表示要修改或替代主合同中的仲裁条款，而是出于某种原因（如地域、专业性等）另行约定了仲裁机构，这可能构成对原仲裁条款的补充而非修改。然而，这种解释可能因具体情况而异，且可能引发争议。
     • 在实践中，如果双方无法就仲裁机构的选择达成一致，且仲裁条款之间存在明显冲突，那么该仲裁协议可能因缺乏明确性而无效。此时，任何一方均有权向法院提起诉讼，要求解决争议。

3. 法律建议：

   • 明确仲裁条款：在签订主合同和补充协议时，应确保仲裁条款的明确性和一致性。如果需要对仲裁机构进行修改或替代，应在补充协议中明确表述，并避免产生歧义。
   • 协商解决：如果双方已经签订了存在冲突的仲裁条款，应首先尝试通过协商解决争议。双方可以就仲裁机构的选择达成新的合意，并签订书面协议以明确双方的权利和义务。
   • 寻求法律救济：如果协商无果，且仲裁条款之间存在明显冲突导致无法执行，任何一方均有权向法院提起诉讼或申请仲裁机构对仲裁协议的效力进行裁定。在此过程中，应提供充分的证据证明自己的主张，并遵循法律程序进行维权。

后续行动建议：

• 如果您正面临此类问题，建议首先仔细审查主合同和补充协议中的仲裁条款，明确双方的真实意图和约定内容。
• 如果仲裁条款之间存在冲突或不明确之处，建议及时与对方进行沟通协商，寻求达成一致的解决方案。
• 如果协商无果或情况复杂，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议和解决方案。