结论：在您描述的情况下，即一个员工在一个公司上班但由两个无关联的公司分别发工资，当涉及到劳动仲裁时，关键在于确定实际的劳动关系以及工资支付的责任主体。这通常需要根据具体情况，如劳动合同、工作安排、工资支付记录等证据来综合判断。
详细分析：
劳动关系的确定：
- 劳动关系是劳动仲裁的基础。通常，劳动关系是根据劳动合同来确定的，但即使没有书面合同，如果存在事实劳动关系（如员工实际为公司工作，公司接受员工的工作成果并支付报酬），也可能被认定为存在劳动关系。
- 在您的情况下，如果员工实际上只为一个公司工作，而另一个公司只是代发工资或存在其他形式的资金往来，那么主要的劳动关系应与实际工作的公司建立。
工资支付的责任主体：
- 工资支付的责任通常与劳动关系直接相关。即，哪个公司是员工的实际雇主，哪个公司就应承担工资支付的责任。
- 如果两个公司都声称与员工没有劳动关系，或者都试图将责任推给对方，那么劳动仲裁机构将需要根据提供的证据（如劳动合同、工作记录、工资支付记录等）来判断哪个公司是实际的雇主，并应承担工资支付的责任。
可能的法律后果：
- 如果劳动仲裁机构确定某个公司是员工的实际雇主，但该公司未按时足额支付工资，那么该公司可能面临支付拖欠工资、经济补偿金甚至赔偿金等法律责任。
- 如果两个公司都存在过错或责任难以划分，劳动仲裁机构可能会根据具体情况，要求两个公司承担连带责任或按比例分担责任。
建议：
- 收集证据：员工应尽可能收集与劳动关系和工资支付相关的证据，如劳动合同、工作记录、工资条、银行转账记录等。
- 明确诉求：在劳动仲裁前，员工应明确自己的诉求，如要求支付拖欠的工资、经济补偿金等。
- 咨询专业律师：由于劳动仲裁涉及复杂的法律关系和证据规则，建议员工在劳动仲裁前咨询专业律师，以更好地维护自己的权益。
示例：
假设员工A在B公司工作，但工资由C公司支付（B公司和C公司无关联）。如果A与B公司签订了劳动合同，且A实际上为B公司工作，那么A与B公司之间存在劳动关系。如果B公司未按时足额支付工资，A可以向劳动仲裁机构申请仲裁，要求B公司支付拖欠的工资和经济补偿金。即使工资是由C公司支付的，这也不改变A与B公司之间的劳动关系和B公司的工资支付责任。当然，如果C公司无故扣发或拖欠工资，且能证明C公司实际是A的雇主，那么A也可以向C公司主张权利。具体责任划分需根据实际情况和证据来判断。