存在这样的法院判决案例，即两个公司中一个负责实际工作，而另一个非关联公司负责发放工资的情况。以下从不同角度为你详细分析：
法律关系与责任认定角度
劳动关系认定：
- 在劳动法律关系中，劳动关系的认定通常基于劳动者与用人单位之间是否存在实际用工关系。如果劳动者实际为A公司工作，但工资由B公司（非关联公司）发放，这并不直接决定劳动关系的归属。关键在于劳动者是否接受A公司的管理、指挥和监督，以及劳动者提供的劳动是否是A公司业务的组成部分。
- 案例参考：有法院判决中，劳动者虽由非关联公司发放工资，但因其实际接受另一公司的管理，并从事该公司业务相关的工作，法院最终认定劳动者与实际用工公司存在劳动关系。
责任承担：
- 如果法院认定劳动者与实际用工公司存在劳动关系，那么该用工公司应承担相应的劳动法律责任，如支付工资、加班费、经济补偿等。而发放工资的非关联公司，除非存在过错或故意，一般不直接承担劳动法律责任。
- 特殊情况：如果非关联公司发放工资的行为存在欺诈、误导或违反法律法规的情形，可能需承担相应的法律责任。
实际案例与司法实践角度
案例一：
- 案情简介：劳动者实际为A公司工作，但工资由B公司（与A公司无关联）发放。后劳动者与A公司发生劳动争议，要求确认劳动关系并支付工资等。
- 法院判决：法院根据劳动者实际接受A公司的管理、指挥和监督，以及从事A公司业务相关的工作等事实，认定劳动者与A公司存在劳动关系，并判决A公司支付劳动者工资等。
案例二：
- 案情简介：劳动者与C公司签订劳动合同，但实际为D公司工作，工资由E公司（与C、D公司均无关联）发放。后劳动者与C公司发生劳动争议。
- 法院判决：法院根据劳动合同、实际用工情况等因素，认定劳动者与C公司存在劳动关系。同时，法院指出E公司作为非关联公司发放工资的行为，并不改变劳动者与C公司的劳动关系，也不直接承担劳动法律责任。但若E公司存在过错或故意，可能需承担相应责任。
法律建议与风险提示角度
对于劳动者：
- 在签订劳动合同时，应明确用人单位和实际用工单位，避免出现劳动关系模糊的情况。
- 保留好与用人单位和实际用工单位之间的沟通记录、工作证据等，以便在发生劳动争议时维护自己的合法权益。
对于公司：
- 在安排劳动者工作时，应明确劳动关系和用工关系，避免出现非关联公司发放工资等可能引发劳动争议的情况。
- 如果确实需要由非关联公司发放工资，应确保该行为合法合规，并明确各方之间的权利义务关系，以避免潜在的法律风险。
总结来说，两个公司中一个负责实际工作，而另一个非关联公司负责发放工资的情况在司法实践中是存在的。法院在判决时会根据实际用工关系、劳动合同、工资发放情况等因素综合认定劳动关系和责任承担。如果你或你所在的公司遇到类似情况，可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议。