结论前置：在两个公司一个上班一个开工资且非关联公司的情况下，确认劳动关系确实存在一定难度，但并非无法确认。法院在处理此类案件时，会综合考虑多种因素来判断劳动关系的存在。同时，确实存在相关案例可供参考。

一、确认劳动关系的法律依据与考量因素

根据《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》等相关规定，确认劳动关系主要考量以下几个方面：

1. 用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格：即双方是否具备签订劳动合同的法定条件。
2. 用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动：这体现了劳动者对用人单位的从属性。
3. 劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分：即劳动者的工作内容是否与用人单位的业务范围相关。

在您描述的情况下，虽然上班和开工资的公司不是同一家，且非关联公司，但如果能够证明劳动者实际上是在为其中一家公司（或两家公司共同）提供劳动，且该劳动是公司业务的组成部分，同时劳动者受该公司（或两家公司共同）的管理和指挥，那么仍然有可能确认劳动关系。

二、法院处理此类案件的考量角度

1. 实际用工关系：法院会重点审查劳动者实际为哪家公司提供劳动，以及哪家公司对劳动者进行了实际的管理和指挥。这通常需要通过工资支付记录、工作证、考勤记录、工作邮件、聊天记录等证据来证明。
2. 合同与协议：如果劳动者与其中一家公司签订了劳动合同或存在其他书面协议，且协议内容明确规定了劳动者的权利和义务，那么这将是确认劳动关系的重要依据。
3. 关联性与利益关系：尽管两家公司非关联公司，但如果它们之间存在某种利益关系（如共同投资、共同经营等），且这种关系影响了劳动者的用工关系，那么法院在确认劳动关系时也会予以考虑。

三、相关案例参考

在司法实践中，确实存在类似案例。例如，有些情况下，劳动者虽然与一家公司签订了劳动合同，但实际上是在为另一家公司工作，且工资也是由另一家公司支付。在这种情况下，如果劳动者能够提供充分的证据证明其实际用工关系，法院通常会确认其与实际用工公司之间的劳动关系。

四、建议与措施

1. 收集证据：如果您面临类似情况，建议首先收集与劳动关系相关的所有证据，包括工资支付记录、工作证、考勤记录、工作邮件、聊天记录等。
2. 咨询专业律师：由于确认劳动关系涉及复杂的法律问题和证据收集，建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
3. 提起劳动仲裁或诉讼：如果与用人单位无法协商解决，您可以考虑提起劳动仲裁或诉讼来维护自己的合法权益。

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