对于“员工在一个公司上班，但工资由其他公司支付，劳动关系如何确认”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

一、劳动关系的核心判定标准

根据劳动和社会保障部2005年5月25日颁布的《关于确定劳动关系有关事项的通知》，劳动关系的成立需同时具备以下情形：

1. 主体资格：用人单位和劳动者均需符合法律、法规规定的主体资格。
2. 劳动管理：用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动。
3. 业务组成：劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。

二、具体判定依据

在司法实践中，确认劳动关系还可以参考以下凭证：

1. 工资支付凭证：包括职工工资发放花名册、缴纳各项社会保险费的记录等。尽管工资由其他公司发放，但这一事实并不改变劳动关系的本质，关键在于劳动者实际为谁提供劳动。
2. 身份证明证件：如用人单位向劳动者发放的“工作证”、“服务证”等能够证明身份的证件。
3. 招用记录：如劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”、“报名表”等。
4. 考勤记录：反映劳动者在用人单位的出勤情况。
5. 其他劳动者证言：同事或相关人员的证言，有助于证明劳动关系的存在。

三、特殊情况处理

在第三方代发工资的情况下，劳动关系的确认需特别谨慎。通常，我们会根据以下原则来判断：

• 实际用工情况：劳动者实际是为哪家公司提供劳动，这是判断劳动关系的核心。
• 社保关系：劳动者的社保关系在哪家公司，也是判断劳动关系的重要依据。
• 管理关系：劳动者接受哪家公司的管理，遵守哪家公司的规章制度。

四、案例说明

以A公司与张三的情况为例，尽管张三的工资由B公司代发，但张三实际在A公司的车间提供劳动，接受A公司的管理，且张三的工作属于A公司的生产经营活动内容。同时，A公司还向张三发放了“工作证”、“工作服”等能够证明身份的证件。因此，可以认定A公司与张三之间存在劳动关系。

五、建议与总结

对于劳动者而言，在签订劳动合同时应明确用人单位的主体身份，确保自己的权益得到保障。如遇到用人单位拒绝签订劳动合同或以其他方式规避劳动合同签署的情况，劳动者应提前收集能够证明双方之间劳动关系建立的证据材料，并在法定时效内提起劳动仲裁，维护自身合法权益。

综上所述，劳动关系的确认需综合考虑多个因素，特别是实际用工情况、社保关系和管理关系等。在第三方代发工资的情况下，更需仔细分析并依据相关法律法规进行判定。