政府部门清退聘用人员后又返回工作的，需根据具体情况采取不同处理措施，核心结论如下：

1. 若清退程序合法且无争议，聘用人员擅自返回属违法行为
   根据《劳动合同法》及事业单位人事管理规定，政府部门清退聘用人员需履行法定程序（如提前通知、支付经济补偿等）。若清退程序合法且双方无争议，聘用人员未经允许擅自返回工作，可能构成“非法占用工作岗位”或违反《治安管理处罚法》中“扰乱单位秩序”的规定。处理建议：

   • 政府部门应立即书面通知其停止工作并离开岗位，明确告知其已无劳动关系；
     
   • 若拒不离开，可报警处理或通过劳动监察部门介入；
     
   • 保留清退程序合法性的证据（如解除合同通知、补偿支付凭证等），避免被认定为“违法解除”。

2. 若清退程序存在瑕疵或争议，需通过法律途径解决
   若清退时未履行法定程序（如未提前30日通知、未支付经济补偿等），或聘用人员对清退理由（如考核不合格、岗位撤销等）存在异议，可能构成“违法解除劳动关系”。此时聘用人员返回工作可能被视为“主张继续履行合同”的行为。处理建议：

   • 政府部门应优先与聘用人员协商，补正程序瑕疵（如补发补偿、重新出具解除通知）；
     
   • 若协商无果，聘用人员可能申请劳动仲裁要求“继续履行合同”或“支付赔偿金”，政府部门需积极应诉，提供清退合法性的证据（如考核记录、岗位调整文件等）；
     
   • 若仲裁或法院认定清退违法，政府部门可能需承担赔偿或恢复劳动关系的风险。

3. 若涉及编制或政策性清退，需结合具体政策处理
   若清退系因政策调整（如机构改革、编制压缩等），需依据地方性法规或政策文件执行。若聘用人员返回工作，需核实其是否符合政策规定的“留用条件”（如特殊岗位需求、服务期未满等）。处理建议：

   • 查阅清退依据的政策文件，明确留用或禁止返回的条款；
     
   • 若政策禁止返回，按第1点处理；若政策允许留用，需补办聘用手续并签订新合同；
     
   • 政策模糊时，建议咨询上级部门或人社局，避免因理解偏差引发纠纷。

风险提示：政府部门处理此类问题时需严格遵循“程序合法、证据充分”原则，避免因程序瑕疵被认定为违法解除，导致赔偿或恢复劳动关系的风险。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。