当劳动监察立案后发现双方对工资有争议时，可以采取以下措施来处理：

1. 劳动监察部门继续调查：

   • 劳动监察部门在立案后，会依法对工资争议进行调查。这包括收集相关证据，如工资单、考勤记录、劳动合同等，以查明事实真相。
   • 调查过程中，劳动监察部门可能会要求双方提供进一步的证据或解释，以确保调查的全面性和准确性。

2. 组织双方调解：

   • 在调查清楚事实后，劳动监察部门可以组织双方进行调解。调解的目的是促使双方达成一致意见，解决工资争议。
   • 调解过程中，劳动监察部门会秉持公正、公平的原则，根据事实和法律规定，提出合理的调解方案。
   • 如果双方同意调解方案，可以签订调解协议，该协议具有法律效力，双方应当履行。

3. 引导双方进入劳动仲裁程序：

   • 如果调解不成，或者双方不愿意进行调解，劳动监察部门可以引导双方进入劳动仲裁程序。
   • 劳动仲裁是一种更为正式的争议解决方式，由劳动争议仲裁委员会负责审理。仲裁委员会会根据事实和法律规定，作出具有法律效力的裁决。
   • 双方对仲裁裁决不服的，还可以依法向人民法院提起诉讼。

4. 法律建议与风险提示：

   • 对于劳动者：在工资争议中，劳动者应当保留好相关证据，如工资单、考勤记录等，以便在调解或仲裁过程中证明自己的主张。同时，劳动者也可以积极寻求法律援助或咨询专业律师，以更好地维护自己的合法权益。
   • 对于用人单位：用人单位应当遵守劳动法律法规，按时足额支付劳动者工资。在工资争议发生时，用人单位应当积极配合劳动监察部门的调查，提供必要的证据和解释。如果用人单位存在违法行为，可能会面临法律制裁和声誉损失。

5. 特殊情况处理：

   • 如果工资争议涉及复杂法律问题或大量证据，劳动监察部门可能会建议双方通过法律途径解决，即直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
   • 在某些情况下，如果工资争议与劳动合同的其他条款紧密相关，劳动监察部门可能会建议双方对劳动合同进行全面审查，以避免类似争议的再次发生。

总结与建议：当劳动监察立案后发现双方对工资有争议时，劳动监察部门会依法进行调查，并组织双方进行调解。如果调解不成或双方不愿意调解，可以引导双方进入劳动仲裁程序。在整个过程中，双方都应当积极配合劳动监察部门的调查，提供必要的证据和解释。同时，我也建议双方在争议发生时，及时咨询专业律师，以更好地了解自己的权利和义务，避免不必要的法律风险。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。