监事的辞职申请应当提交给本公司，而非上级股东单位。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律层面分析
公司法规定：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，监事是公司治理结构中的重要组成部分，其职责是监督公司董事、高级管理人员的行为，确保公司运营合规。
- 监事的辞职、免职等事项，通常应由公司内部机构（如监事会或股东会）进行审议和决定。因此，从法律程序上讲，监事的辞职申请应当提交给本公司。
公司章程约定：
- 公司章程是公司内部的“宪法”，它规定了公司的组织结构、管理方式等重要事项。
- 如果公司章程中明确规定了监事辞职的申请程序，包括提交对象等，那么监事应当遵循公司章程的规定。在大多数情况下，公司章程会要求监事将辞职申请提交给本公司。
二、实际操作层面分析
提交给本公司的必要性：
- 提交给本公司可以确保辞职申请得到及时、有效的处理。公司内部机构（如监事会或人力资源部门）可以迅速组织审议，并作出相应决定。
- 如果提交给上级股东单位，可能会导致处理流程冗长、效率低下，甚至可能因信息传递不畅而引发不必要的纠纷。
提交给上级股东单位的不合理性：
- 上级股东单位虽然对公司有一定的监督权，但并不直接参与公司的日常运营和管理。
- 将监事的辞职申请提交给上级股东单位，可能超出其职责范围，也不符合公司治理的常规做法。
三、特殊情况考虑
- 在某些特殊情况下，如公司存在多个股东单位且股权结构复杂时，监事可能会面临向哪个股东单位提交辞职申请的困惑。然而，在这种情况下，更应当遵循公司法和公司章程的规定，将辞职申请提交给本公司，由公司内部机构进行审议和决定。
- 如果监事与上级股东单位之间存在特殊的协议或约定（如监事由上级股东单位委派等），且该协议或约定中明确规定了辞职申请的提交对象，那么监事应当遵循该协议或约定的规定。但这种情况较为特殊，且需要明确的协议或约定作为依据。
四、法律建议
- 明确辞职程序：监事在辞职前，应当仔细阅读公司法和公司章程中关于监事辞职的相关规定，确保自己的辞职程序符合法律要求。
- 及时沟通：监事在提交辞职申请前，可以与公司内部机构（如监事会主席或人力资源部门负责人）进行沟通，了解辞职的具体流程和注意事项。
- 保留证据：监事在提交辞职申请时，应当保留好相关证据（如辞职信、提交凭证等），以备不时之需。
综上所述，监事的辞职申请应当提交给本公司，以确保辞职程序的合法性和有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。