员工在发现仓库主任年终盘点做假账时，应采取以下措施来维护自身权益和公司利益：

1. 收集证据：

   • 员工应尽可能收集与仓库盘点相关的所有证据，包括但不限于盘点记录、出入库单据、监控录像、电子邮件或聊天记录等。这些证据将有助于证明仓库主任做假账的事实，并在后续处理中起到关键作用。

2. 内部报告：

   • 员工应首先向公司的直接上级或相关部门（如财务部、审计部或合规部）报告仓库主任做假账的情况。在报告时，应详细说明发现的问题、收集到的证据以及可能对公司造成的影响。
   • 如果公司设有举报机制或匿名举报渠道，员工也可以考虑通过这些渠道进行举报，以保护自己的隐私和安全。

3. 保护自身权益：

   • 在报告过程中，员工应确保自己的行为合法合规，避免因为举报而遭受报复或歧视。如果担心个人安全或职业发展受到影响，可以寻求公司内部的人力资源部门或工会组织的帮助。
   • 同时，员工应保留好与举报相关的所有记录和证据，以备不时之需。

4. 配合调查：

   • 如果公司决定对仓库主任做假账的情况进行调查，员工应积极配合调查工作，提供必要的协助和信息。这有助于公司尽快查明事实真相，并采取相应的措施。

5. 考虑法律途径：

   • 如果公司内部处理不力或仓库主任的行为已经构成犯罪（如贪污、职务侵占等），员工可以考虑向公安机关报案或向法院提起诉讼。在采取法律途径前，建议员工咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保护。

6. 关注公司后续行动：

   • 员工应关注公司对仓库主任做假账情况的后续处理行动，包括是否对仓库主任进行了处罚、是否采取了措施防止类似事件再次发生等。如果公司未能采取有效措施，员工可以考虑进一步采取行动来维护公司利益和自身权益。