结论：公司以发票超过两个月为由进行罚款是否合法，需分情况讨论，关键在于公司是否有明确的合法依据以及罚款行为是否符合法律规定。

1. 若公司规章制度明确规定了报销时限及超期罚款条款，且该制度经过民主程序制定并公示，罚款金额合理，则可能合法。
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位依法制定的规章制度，经过职工代表大会或全体职工讨论、与工会或职工代表协商确定，并向劳动者公示的，可以作为管理依据。若公司制度中明确规定了报销时限（如两个月）及超期罚款的具体标准（如扣除部分奖金或绩效），且该制度符合上述程序要求，同时罚款金额未超过劳动者当月工资的20%（根据《工资支付暂行规定》第十六条），则公司行为可能被认定为合法。但需注意，罚款需以劳动者存在过错为前提，且不得违反法律强制性规定。

2. 若公司无合法制度依据，或罚款行为违反法律强制性规定，则不合法。

   • 无制度依据：若公司未通过民主程序制定报销时限及罚款制度，或未向劳动者公示，则该制度对劳动者不产生约束力，公司以此为由罚款缺乏法律依据。
     
   • 罚款金额违法：即使制度合法，若罚款金额超过劳动者当月工资的20%，或扣除后剩余工资低于当地最低工资标准，则违反《工资支付暂行规定》第十六条，属于违法行为。
     
   • 罚款性质违法：根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。若公司以罚款名义变相克扣工资，可能被认定为违法行为。

建议：

• 若您认为公司罚款行为不合法，可要求公司出具相关制度依据，并核对制度制定程序及罚款金额是否合法。
  
• 若公司无法提供合法依据或罚款行为明显违法，您可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁维护权益。
  
• 若您对具体条款或程序有疑问，可进一步向我咨询，我会结合您的具体情况提供详细解答。