针对员工不认可是自己提供的毕业证复印件这一问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析和解答：
首先，要明确毕业证复印件的法律效力及使用规范。
毕业证复印件，在加盖了档案利用专用章或相关验证章，并经过档案管理部门核对原件无误并盖章确认的情况下，通常具有与原件同等的法律效力。但这一效力可能受到档案类型、使用范围以及具体法律环境的影响。因此，在提供毕业证复印件时，应确保复印件上注明了具体用途，并尽量通过正规渠道进行验证和盖章，以增强其证明力。
接下来，针对员工不认可的情况，可以采取以下措施：
核实复印件的来源和验证情况：
- 检查毕业证复印件上是否有档案利用专用章或其他相关验证章。
- 确认复印件是否经过了档案管理部门的核对和盖章确认。
- 如果可能，提供档案部门出具的真实性证明或制作流程说明。
与员工进行沟通解释：
- 向员工说明毕业证复印件的提供过程和验证情况。
- 强调复印件在加盖验证章并经过正规程序后，通常具有与原件同等的法律效力。
- 如果员工仍有疑虑，可以邀请其一同前往档案管理部门进行核实。
提供其他证据支持：
- 如果员工仍然不认可，可以考虑提供其他相关证据来支持毕业证复印件的真实性，如电子数据（如毕业证书的电子版）、证人证言（如同学或老师的证明）等。
- 这些证据可以形成完整的证据链，进一步证明毕业证复印件的真实性和有效性。
寻求法律途径解决：
- 如果员工坚持不认可，且双方无法达成一致，可以考虑通过法律途径解决争议。
- 可以向法院申请复议，说明复印件的来源合法性及法律依据，要求法院重新审查。
- 或者，如果可能的话，申请法院调取原始档案或委托鉴定机构验证复印件的真实性。
最后，要强调预防措施和合规操作的重要性：
- 在未来类似的情况下，应更加注重毕业证复印件的提供和验证过程，确保符合法律规范和公司政策。
- 可以考虑在提供毕业证复印件时，要求员工签署确认书或声明书，明确其认可复印件的真实性和有效性。
- 同时，公司也应加强对员工档案的管理和保护，确保员工档案的完整性和安全性。
综上所述，针对员工不认可是自己提供的毕业证复印件的问题，我们应通过核实复印件的来源和验证情况、与员工进行沟通解释、提供其他证据支持以及寻求法律途径解决等措施来妥善处理。同时，也应注重预防措施和合规操作的重要性，以避免类似问题的再次发生。