关于毕业证书复印件在离职时的处理方式，首先我们要明确一点：根据劳动合同法的规定，用人单位在招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，也不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。这同样适用于毕业证书等个人重要证件的原件或复印件。

现在，针对您提出的毕业证书复印件离职时怎么处理的问题，我给出以下建议：

1. 确认公司政策：

   • 在离职前，与公司的人力资源部门或相关负责人确认公司对毕业证书复印件的留存政策。了解公司是否在员工离职后需要收回这些复印件，或者是否允许员工自行保留。

2. 个人信息安全：

   • 如果公司同意您保留毕业证书复印件，请确保将其存放在安全的地方，以防信息泄露。
   • 如果公司需要收回，也请确保在离职手续中明确这一点，并亲自交还，以避免后续出现任何纠纷。

3. 法律权益保护：

   • 如果您发现公司在未经您同意的情况下擅自保留或使用您的毕业证书复印件，您可以向劳动监察部门举报，以维护自己的合法权益。

4. 注销与确认：

   • 在离职时，与公司确认所有个人信息的注销和删除，包括毕业证书复印件的电子版或纸质版。
   • 如有必要，可以要求公司出具一份离职证明，其中注明已将所有个人信息（包括毕业证书复印件）归还或删除。

5. 后续跟进：

   • 离职后的一段时间内，您可以适当关注自己的个人信息是否已被公司妥善处理。如果发现任何问题，及时与公司沟通或采取法律措施。

总之，处理毕业证书复印件等个人重要证件时，应谨慎对待，确保自己的信息安全和合法权益不受侵害。在离职时，与公司明确相关事宜，并妥善保管好自己的证件和资料。