结论：工程评标商务部分仅去掉两个最低报价是否违法，不能一概而论，需结合具体评标规则、招标文件要求以及相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、从评标规则与招标文件要求的角度
评标规则的合法性：
- 评标规则是招标活动中至关重要的组成部分，它必须严格遵循《中华人民共和国招标投标法》及其相关实施条例的规定。
- 如果招标文件或评标规则中明确规定了评标过程中需要去掉一定数量的最低报价，且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么去掉两个最低报价的行为就是合法的。
- 反之，如果招标文件或评标规则中并未规定此类操作，或者规定与法律法规相抵触，那么去掉最低报价的行为就可能构成违法。
招标文件的具体要求：
- 招标文件是招标活动的法律性文件，它详细规定了招标项目的各项要求、评标标准和方法等。
- 如果招标文件中明确规定了评标过程中需要去掉一定数量的最低报价，并且这一要求与法律法规不冲突，那么评标委员会在评标过程中遵循这一要求就是合法的。
- 如果招标文件中没有此类规定，或者规定模糊不清，那么评标委员会在评标过程中去掉最低报价的行为就可能引发争议。
二、从法律法规的角度
《中华人民共和国招标投标法》的相关规定：
- 该法并未直接规定评标过程中是否需要去掉最低报价，但强调了评标应当遵循公平、公正、科学和择优的原则。
- 如果去掉最低报价的行为违反了这些原则，或者损害了其他投标人的合法权益，那么这一行为就可能构成违法。
其他相关法律法规：
- 除了《中华人民共和国招标投标法》外，还有其他一些与招标投标活动相关的法律法规，如《中华人民共和国反不正当竞争法》等。
- 这些法律法规也可能对评标过程中的某些行为进行规范，如果去掉最低报价的行为违反了这些法律法规的规定，那么同样可能构成违法。
三、从实际操作与风险防范的角度
实际操作中的合规性：
- 在实际操作中，评标委员会应当严格遵循招标文件和评标规则的要求进行评标。
- 如果招标文件或评标规则中规定了去掉最低报价的操作，评标委员会应当确保这一操作的合规性，避免引发争议或法律风险。
风险防范措施：
- 为了避免因去掉最低报价而引发的法律风险，招标人可以在招标文件中明确规定评标过程中是否需要去掉最低报价以及去掉的数量和方式等。
- 同时，评标委员会在评标过程中也应当保持谨慎和公正，确保评标结果的合法性和合理性。
建议：如果您在工程评标过程中遇到了关于去掉最低报价的疑问或争议，建议您首先仔细审查招标文件和评标规则的相关规定。如果规定不明确或存在争议，您可以咨询专业的法律人士或相关机构以获取更准确的法律意见。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律服务。