结论：在工程款纠纷中，仅有收据而无付款凭证及银行流水时，法官是否认定工程款以实际支付合理合法，需结合具体证据情况、双方约定及法律规定综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、从证据规则角度分析

1. 证据的充分性与证明力：

   • 在民事诉讼中，证据的充分性和证明力是法官认定事实的关键。收据作为书证，能够证明双方之间存在工程款支付的约定或事实，但其证明力相对较弱，尤其是当缺乏付款凭证和银行流水等直接证据时。
   • 付款凭证和银行流水作为直接证据，能够更直接、更准确地证明工程款的实际支付情况。若缺乏这些证据，仅凭收据，法官在认定工程款已实际支付时可能会持谨慎态度。

2. 证据的补强与推定：

   • 若收据内容详细、明确，且有其他间接证据（如工程进度报告、验收单等）相佐证，形成完整的证据链，法官可能会根据高度盖然性原则，推定工程款已实际支付。
   • 若收据内容模糊、存在瑕疵，或缺乏其他间接证据支持，法官则可能难以仅凭收据认定工程款已实际支付。

二、从双方约定角度分析

1. 合同约定：

   • 若双方在合同中明确约定了工程款的支付方式、时间、金额等，且收据内容与合同约定相符，法官在认定工程款时可能会更倾向于依据合同约定。
   • 若合同约定不明确或存在争议，法官则可能更侧重于审查实际支付情况，此时收据的证明力将受到更大挑战。

2. 交易习惯：

   • 若双方在长期合作中形成了特定的交易习惯，且该习惯在行业内具有普遍性，法官在认定工程款时可能会考虑这一因素。例如，若双方长期以收据作为工程款支付的凭证，且从未因此产生争议，法官可能会认可这种交易习惯。

三、从法律规定角度分析

1. 《民法典》相关规定：

   • 根据《民法典》关于合同履行的规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。若工程款支付是合同的一部分，双方应按照约定履行。
   • 若一方主张工程款已支付，应承担举证责任。在缺乏直接证据时，需通过其他间接证据形成完整的证据链来证明。

2. 司法实践中的倾向：

   • 在司法实践中，法官在认定工程款支付时，通常会综合考虑多种因素，包括证据的充分性、双方约定、交易习惯以及行业惯例等。
   • 仅凭收据而无其他证据支持时，法官可能会要求主张支付的一方进一步补强证据，或根据案件具体情况进行自由裁量。

四、建议与风险提示

1. 完善证据收集：

   • 在工程款纠纷中，建议双方尽可能完善证据收集工作，包括保存好付款凭证、银行流水、收据、合同等所有相关证据。
   • 若缺乏直接证据，应尽可能收集其他间接证据来形成完整的证据链。

2. 明确合同约定：

   • 在签订合同时，应明确约定工程款的支付方式、时间、金额等关键条款，以避免后续争议。
   • 若合同约定不明确或存在争议，应及时通过协商、补充协议等方式进行明确。

3. 寻求专业法律帮助：

   • 在工程款纠纷中，若双方无法自行协商解决，建议及时寻求专业律师的帮助。律师可以根据案件具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。

最后，若您在工程款纠纷中遇到类似问题，或有其他相关法律问题需要咨询，请直接向我提问。我将根据您的具体情况提供全面、准确的法律解答。