针对您提出的“原告只有发票没有付款凭证，法院却支持了原告的诉求，这种情况该怎么办”的问题，我们可以从法律角度和案件实际情况来深入分析。

首先，我们要明确的是，在一般的商业交易中，发票虽然是交易的重要凭证，但它主要的功能是作为税款的抵扣依据，并不能直接作为付款义务已经履行的证明。也就是说，仅有发票而没有付款凭证，通常是不能直接认定付款事实已经发生的。

然而，在您提到的这个具体案件中，法院之所以支持了原告的诉求，是因为法院综合考虑了案件的全貌和各种证据。在这个案件中，原告不仅提供了发票，还提供了借款协议等关键证据，这些证据与案件事实紧密相关，且能够相互印证。同时，被告虽然否认了借款事实，但却未能提供足够的证据来支持自己的主张，比如购车合同和支付首付的相关证据。

法院在审理此类案件时，会遵循《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》等相关法律法规，结合借贷金额、款项交付、当事人的经济能力、交易方式、交易习惯以及财产变动情况等多种因素，来综合判断查证借贷事实是否发生。在这个案件中，法院认为原告为被告垫付购车款的事实已经达到了高度可能性，因此支持了原告的诉求。

如果您作为被告，对法院的判决结果有异议，您可以考虑在法定期限内提起上诉，通过法律途径来维护自己的合法权益。在上诉过程中，您需要提供充分的证据来支持自己的主张，比如购车合同、支付首付的凭证等，以证明车辆确实是自行购置的，与原告无关。

同时，我也想提醒您，在未来的商业交易中，一定要妥善保管好各种交易凭证，包括付款凭证、合同等，以便在发生纠纷时能够提供有力的证据来支持自己的主张。

希望以上分析能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。