结论前置：参加民兵训练12天请假，单位不应扣发工资，因为这属于履行法定兵役义务的假期，单位应确保职工的合法权益不受损害。
法律背景与依据
根据《中华人民共和国兵役法》和《民兵工作条例》的相关规定，民兵担负战备勤务、执行非战争军事行动任务和参加军事训练，是公民履行兵役义务的一种形式。因此，职工参加民兵训练请假，应被视为履行法定兵役义务的假期，也可被视为公差或公假。这是公民履行国防义务的重要表现，单位应当给予理解和支持。
具体来说，《民兵工作条例》第二十四条明确规定，企业事业单位的民兵和民兵干部在参加军事训练期间，由原单位照发工资和奖金，原有的福利待遇不变。这意味着，参加民兵训练的职工在请假期间应享受与在岗员工相同的待遇，包括工资待遇、社会保险等。单位应确保职工的合法权益不受损害，不得扣发工资或福利待遇。
可能的法律后果与维权途径
如果单位违反上述规定，扣发参加民兵训练职工的工资或福利待遇，职工可以采取以下措施维护自己的合法权益：
沟通协商：首先与单位进行沟通协商，明确表达自己的诉求，要求单位补发工资和福利待遇。这是最直接、最和平的解决方式，有助于维护良好的劳动关系。
投诉举报：若协商不成，职工可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对单位的违法行为进行调查和处理，确保职工的合法权益得到保障。
法律途径：职工还可以通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的合法权益。在提起仲裁或诉讼前，建议职工收集好相关证据，如请假条、工资条、单位规章制度等，以便在仲裁或诉讼过程中证明自己的主张。
特殊情况与注意事项
虽然一般情况下单位不应扣发参加民兵训练职工的工资，但也存在一些特殊情况需要注意。例如，如果单位与职工在劳动合同或规章制度中另有约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么单位可能按照约定执行。然而，这种约定通常应被视为无效或可撤销，因为它们违反了法律法规的强制性规定，损害了职工的合法权益。
此外，职工在参加民兵训练期间，也应遵守单位的规章制度和劳动纪律，不得因参加训练而影响正常的工作秩序和生产进度。如果职工因参加训练而违反单位规章制度或劳动纪律，单位有权按照相关规定进行处理。
总结与建议：参加民兵训练是公民的义务和责任，单位应给予支持和理解，并确保员工的合法权益不受损害。在民兵训练期间，单位不得扣发职工的工资、奖金和福利待遇。如果单位违反规定，职工可以通过沟通协商、投诉举报或法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。