结论前置：在劳动仲裁中，如果发现公司幕后老板另有其人，这并不影响你向实际用工单位（即你签订劳动合同或形成事实劳动关系的公司）主张权利。你可以继续按照劳动仲裁的程序进行，将与你存在劳动关系的公司作为被申请人。

详细分析：

1. 劳动仲裁的被申请人确定：

   • 在劳动仲裁中，被申请人的确定是基于你与谁建立了劳动关系。即使公司的幕后老板另有其人，只要你是与该公司签订的劳动合同或形成了事实劳动关系，那么该公司就是你的用工单位，也是劳动仲裁的被申请人。
   • 幕后老板的个人身份，并不改变你与用工单位之间的劳动关系性质，也不影响你向用工单位主张劳动权益。

2. 幕后老板的责任问题：

   • 幕后老板如果未以公司名义与你建立劳动关系，而是直接以个人名义与你发生用工行为，那么这可能构成另一种法律关系，如雇佣关系，但这并不属于劳动仲裁的范畴。
   • 如果幕后老板存在违法用工、拖欠工资等行为，且这些行为与公司有关联，你可以在劳动仲裁中提供相关证据，要求公司承担相应责任。如果公司无力承担，你还可以考虑通过法律途径追究幕后老板的个人责任，但这通常需要通过诉讼等程序进行，且需要充分的证据支持。

3. 劳动仲裁的流程与注意事项：

   • 在劳动仲裁过程中，你需要准备充分的证据来证明你与用工单位之间的劳动关系以及你的诉求（如工资、加班费、经济补偿等）。
   • 你可以向劳动仲裁委员会提交仲裁申请书、劳动合同、工资单、工作证等证据材料。
   • 劳动仲裁委员会会依法进行审理，并作出裁决。如果对裁决结果不服，你还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。

4. 特殊情况的处理：

   • 如果在劳动仲裁过程中，你发现用工单位存在虚假注册、逃避法律责任等行为，你可以向相关部门举报，并要求劳动仲裁委员会依法处理。
   • 如果幕后老板的行为涉嫌犯罪（如诈骗、非法经营等），你还可以向公安机关报案，追究其刑事责任。

建议与行动：

• 继续按照劳动仲裁的程序进行，将与你存在劳动关系的公司作为被申请人。
• 收集并整理相关证据材料，以支持你的仲裁请求。
• 如果在仲裁过程中遇到困难或问题，可以及时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。

后续思考：

• 在处理劳动纠纷时，了解并明确用工单位是关键。即使幕后老板另有其人，也不应影响你向实际用工单位主张权利。
• 如果发现用工单位存在违法或不当行为，应及时采取措施保护自己的合法权益，包括向相关部门举报或寻求法律援助。