公司以综合薪资为由，不在考虑加班费的做法是违法的。以下从几个方面为你详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》第四十四条：
- 有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 这表明，加班费是劳动者在超出正常工作时间工作后应得的额外报酬，是法定的，不受综合薪资等任何形式的包含或替代。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十一条：
- 用人单位应当严格执行劳动定额标准，不得强迫或者变相强迫劳动者加班。用人单位安排加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。
- 这一条款进一步强调了加班费的支付义务，明确用人单位不得以任何理由拒绝支付加班费。
二、综合薪资与加班费的关系
- 综合薪资通常指的是劳动者在一定时期内（如一个月）应得的全部报酬，包括基本工资、奖金、津贴等。然而，这并不意味着加班费可以被包含在综合薪资中或不再单独计算。
- 加班费是基于劳动者实际加班时间计算的额外报酬，与综合薪资中的其他部分（如基本工资、奖金等）是独立的。因此，公司不能以综合薪资为由，拒绝支付加班费。
三、违法后果及劳动者维权途径
违法后果：
- 如果公司拒绝支付加班费，劳动者有权要求公司支付被拖欠的加班费。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条，用人单位未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬（包括加班费）的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
劳动者维权途径：
- 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行协商，明确表达诉求，要求支付应得的加班费。
- 向劳动行政部门投诉举报：如果协商无果，可以向当地的劳动行政部门投诉举报，由劳动行政部门责令用人单位限期支付加班费。
- 申请劳动仲裁：如果投诉举报后问题仍未得到解决，可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求用人单位支付加班费及可能的赔偿金。
- 提起诉讼：如果仲裁裁决后用人单位仍不履行支付加班费的义务，可以依据仲裁裁决向人民法院申请强制执行，或者在必要时直接向人民法院提起诉讼。
总结来说，公司以综合薪资为由不在考虑加班费的做法是违法的。劳动者有权要求公司支付被拖欠的加班费，并可以通过协商、投诉举报、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。如果你遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议和帮助。