结论前置：自愿超时上班是否违法，需结合具体情况分析，但总体而言，即使员工自愿，超时加班也可能违反法律规定。
详细分析：
法律规定与加班时限：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要延长工作时间的，应与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过一小时；特殊情况下，在保障劳动者身体健康的条件下，延长工作时间每日不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。这一规定是强制性的，旨在保护劳动者的身体健康和休息权利。
自愿加班的违法性分析：
- 企业知晓并鼓励/强迫加班：如果企业明知员工自愿加班且超过法定时限，却未加以制止，甚至通过绩效考核、奖金发放等方式变相鼓励或强迫员工超时加班，那么企业将被认定为违法。例如，企业设定高额奖金以激励员工完成超额任务量，导致员工长时间加班，累计超时，这种情况下企业构成违法行为。
- 企业不知情且无强迫：若企业确实不知道员工自愿加班，且没有通过任何方式促使或强迫员工加班，那么即使员工加班超过法定时限，企业通常也不承担违法责任。但这种情况较为少见，因为企业通常对员工的工作时间和加班情况有一定的管理和监督责任。
- 待遇与休息保障：无论员工是否自愿加班，企业都应确保提供合法的加班费和充足的休息时间。如果企业未按照法律规定支付加班费，或者未安排足够的休息日，即使员工自愿加班，也可能被视为企业违法行为的一部分。
法律后果：
- 如果企业被认定为违反加班时限规定，将可能面临劳动保障行政部门的警告、责令限期改正，并可能被处以罚款，罚款金额按受侵害的劳动者每人100元以上500元以下的标准计算。
综合建议：
- 员工角度：员工应合理安排工作与休息，避免长时间连续加班，保护自身权益。如果因企业强迫或变相强迫加班而超时，员工有权向劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。
- 企业角度：企业应严格遵守法定加班时限，不鼓励或强迫员工超时加班。同时，企业应确保支付合法的加班费和提供充足的休息时间，加强内部管理，及时了解并制止员工的非正常加班行为，以规避法律风险。
进一步思考：
- 在实际操作中，如何界定“自愿”加班与“强迫”加班可能存在一定的难度。因此，企业和员工都应增强法律意识，明确各自的权利和义务，以避免不必要的法律纠纷。
- 如果员工因长期加班引发疾病或其他健康问题，即使其“自愿”加班，企业若未尽到合理注意和保障义务，也可能需承担法律责任。因此，企业应关注员工的身心健康，鼓励员工合理安排工作与休息。
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