职工自愿加班超过法定时限，企业是否违法需结合具体情况分析，但通常情况下，即使职工自愿，企业也可能因违反加班时限规定而构成违法。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律规定与企业义务
根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。对于加班问题，法律同样有明确的规定：用人单位因生产经营需要，在与工会和劳动者协商后，可以延长工作时间，但必须遵守以下限制：
- 一般情况下，每日加班不得超过一小时；
- 因特殊原因需延长工作时间的，必须在保障劳动者身体健康的前提下进行，且每日加班时间不得超过三小时，每月累计加班时间不得超过三十六小时。
这些规定是强制性的，旨在保护劳动者的身体健康和休息权利，不因劳动者的个人意愿而改变。因此，即使职工自愿加班超过法定时限，企业也有义务遵守这一法定加班时限。
二、企业违法行为的认定
企业知晓并鼓励/强迫加班：
- 如果企业明知职工自愿加班且超过法定时限，却未加以制止，甚至通过绩效考核、奖金发放等方式变相鼓励或强迫职工超时加班，那么企业将被认定为违法。例如，企业设定高额奖金以激励职工完成超额任务量，导致职工长时间加班，累计超时，这种情况下企业构成违法行为。
企业不知情且无强迫：
- 若企业确实不知道职工自愿加班，且没有通过任何方式促使或强迫职工加班，那么即使职工加班超过法定时限，企业通常也不承担直接违法责任。但企业仍有义务确保职工的工作时间不超过法定时限，并应采取合理措施防止职工非正常加班。比如，职工为提升业务能力自行留在公司加班，未向企业报备，且企业未从职工的加班行为中获益，此时企业虽不直接违法，但应加强管理，避免类似情况发生。
待遇与休息保障：
- 企业应确保提供合法的加班费和充足的休息时间。如果企业未按照法律规定支付加班费，或者未安排足够的休息日，即使职工自愿加班，也可能被视为企业违法行为的一部分。例如，企业未支付职工超时加班的加班费，或者未安排职工在加班后得到足够的休息，这些都可能构成违法。
三、企业违法的法律后果
如果企业被认定为违反加班时限规定，将可能面临以下法律责任：
- 根据《劳动保障监察条例》第二十五条，用人单位违反劳动保障法律、法规或规章延长劳动者工作时间的，由劳动保障行政部门给予警告，责令限期改正。
- 企业还可能被处以罚款，罚款金额按受侵害的劳动者每人100元以上500元以下的标准计算。
四、综合分析与建议
为避免法律风险，企业应：
- 严格遵守法定加班时限：不鼓励或强迫职工超时加班，确保职工的工作时间不超过法定时限。
- 确保支付合法的加班费：按照法律规定支付职工加班费，保障职工的合法权益。
- 提供充足的休息时间：合理安排职工的工作和休息时间，确保职工得到足够的休息。
- 加强内部管理：及时了解并制止职工的非正常加班行为，防止类似情况发生。
如果职工发现企业存在超时加班或未依法支付加班费的情况，有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。同时，企业也应积极配合相关部门的调查和处理，共同营造一个和谐、稳定的劳动关系环境。
希望以上分析能对你有所帮助，如果你还有其他法律问题，可以直接向我咨询。