关于单位让员工补交公积金是否合法的问题，这确实需要根据具体情况来判断。以下是我为您详细分析的情况：
一、不合法的情形
未按规定为职工开户缴存：
- 根据《住房公积金管理条例》，单位在录用职工后，有义务在30日内向住房公积金管理中心办理缴存登记，并设立职工住房公积金账户。如果单位超过这个期限没有办理，并且之后也不进行补交，那么这种行为就是不合法的。例如，如果单位一直未为您开设公积金账户，或者开设后长期未缴存，您有权要求单位补交。
少缴公积金：
- 单位应该按照职工的实际工资基数来足额缴存公积金。如果单位不按照实际工资基数缴存，而是选择了一个较低的基数，并且在您反映或者公积金管理中心检查后仍然拒绝补交少缴的部分，那么这种行为也是不合法的。比如，您的实际工资是10000元，但单位只按照5000元的基数为您缴存公积金，这就是少缴的情况。
中断缴存：
- 在没有法定事由的情况下，单位是不能停止为职工缴存公积金的。如果单位无故中断缴存，并且不打算补交，那么这种做法也是不符合法律要求的。例如，单位因为经营困难或者其他非法定原因突然停止为您缴存公积金，并且没有给出合理的解释和补交计划，您就有权要求单位继续缴存或者补交。
对于上述不合法情形，您有权向当地的住房公积金管理中心进行投诉。管理中心会责令单位限期办理补交手续；如果单位逾期不办理，还可能会面临1万元以上5万元以下的罚款。如果单位逾期仍然不缴存或者少缴，管理中心还可以申请人民法院强制执行。
二、合法的情形
因不可抗力等特殊原因：
- 如果单位遇到了不可抗力事件，比如自然灾害、战争等，导致无法按时缴存公积金，并且在事件影响消除后及时采取了措施恢复缴存，但是因为经济损失过大等原因确实无法补交之前中断期间的公积金，那么这种情况可能被认定为合理。例如，特大地震导致企业受损严重，无法补交震后停工期间的公积金，这种情况下单位的行为就具有一定的合理性。
已过追溯时效：
- 部分地区对公积金补缴有追溯时效的规定。如果超过了当地规定的可追溯期限，单位可能就无需再为职工补交公积金了。由于国家层面并没有统一的公积金补缴时效规定，所以各地规定可能有所不同，有的地方规定为2年，有的地方规定为3年等。因此，在判断是否合法时，需要参考当地的具体规定。例如，某地规定公积金补缴追溯时效为2年，如果您在超过这个时效后才提出补缴要求，单位拒绝补交可能就是合法的。
建议：
为了确保自己的合法权益得到保障，您在入职时应该与单位明确约定公积金的缴存情况，并且定期查看自己的公积金缴存记录。如果发现单位存在不合法情形，您应该及时向相关部门投诉举报以维护自己的权益。同时，您也可以咨询当地的住房公积金管理中心或者法律专业人士，以获取更具体和准确的建议。