事业单位在试用期间查出员工患有先天性心脏病，并不意味着一定会被辞退，这需要根据具体情况来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律保护层面
《劳动合同法》的相关规定：
- 根据《劳动合同法》第四十二条，劳动者有下列情形之一的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同：（一）从事接触职业病危害作业的劳动者未进行离岗前职业健康检查，或者疑似职业病病人在诊断或者医学观察期间的；（二）在本单位患职业病或者因工负伤并被确认丧失或者部分丧失劳动能力的；（三）患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内的；（四）女职工在孕期、产期、哺乳期的；（五）在本单位连续工作满十五年，且距法定退休年龄不足五年的；（六）法律、行政法规规定的其他情形。
- 虽然先天性心脏病并非直接列出的情形，但若该疾病导致员工在规定的医疗期内，且未丧失或部分丧失劳动能力，则用人单位不得随意解除劳动合同。
医疗期的规定：
- 医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。医疗期的具体长度根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限来确定，一般为三个月到二十四个月。
- 在医疗期内，用人单位不得解除劳动合同，除非员工存在严重违反用人单位规章制度、严重失职等法定解除情形。
二、事业单位内部规定与实际操作
事业单位内部规章制度：
- 事业单位可能根据自身情况制定内部规章制度，对员工的健康状况、工作能力等方面有特定要求。然而，这些规定不得违反国家法律法规的强制性规定。
- 若事业单位的规章制度中明确规定了患有特定疾病（如先天性心脏病）的员工在试用期内将被辞退，且该规定不违反法律法规，则事业单位可能依据此规定进行辞退。但这种情况较为少见，且需经过合法程序制定并公示。
实际操作中的考量：
- 事业单位在试用期内发现员工患有先天性心脏病时，通常会考虑员工的实际工作能力、岗位需求以及疾病对工作的影响程度。
- 若员工能够胜任工作，且疾病不影响其正常履行职责，事业单位可能不会选择辞退。
- 若员工因疾病无法胜任工作，或疾病对工作造成严重影响，事业单位可能会与员工协商解除劳动合同，或依据法律法规和内部规定进行辞退。
三、建议与注意事项
员工方面：
- 若员工在试用期内被查出患有先天性心脏病，应及时与事业单位沟通，说明自己的健康状况和工作能力。
- 员工可以要求事业单位提供必要的医疗期和合理的工作安排，以保障自己的合法权益。
- 若员工认为事业单位的辞退决定违法或不合理，可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼。
事业单位方面：
- 事业单位在处理此类问题时，应严格遵守国家法律法规和内部规章制度。
- 事业单位应充分考虑员工的实际工作能力和岗位需求，避免盲目辞退员工。
- 若事业单位决定辞退员工，应确保辞退决定合法、合理，并依法支付经济补偿。
综上所述，事业单位在试用期间查出员工患有先天性心脏病并不一定会被辞退。这取决于员工的实际工作能力、岗位需求、疾病对工作的影响程度以及事业单位的内部规定和实际操作。若您或您身边的人遇到此类问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议。