公司安排上一天休两天的工作制度是否合法，需根据具体情况判断，关键在于是否符合劳动法的各项规定，包括工作时间、加班补偿、休息休假权利以及劳动合同约定等。以下是对此问题的详细分析：

一、工作时间方面

1. 标准工时制：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。
   • 在“上一天休两天”的制度下，若员工上班当天的工作时间不超过8小时，且按周计算平均工作时间不超过44小时，则该排班方式合法。例如，员工上一天休两天，上班当天工作7小时，一周循环，则一周工作时间为24.5小时，符合法定标准。

2. 特殊工时制：

   • 企业因生产特点不能实行标准工时制的，经劳动行政部门批准，可实行不定时工作制或综合计算工时工作制。
   • 在特殊工时制下，“上一天休两天”的排班方式需符合相应规定，如综合计算工时工作制需确保周期内总工作时间与法定标准相当。例如，物流企业经批准实行综合计算工时工作制，按月计算总工作时间，若符合法定标准，则“上一天休两天”合法。

二、加班及加班补偿方面

• 若“上一天休两天”导致员工在某些天工作时间超过8小时或平均每周工作时间超过44小时，超出部分视为加班。
• 根据《劳动法》第四十四条，用人单位应支付加班费，具体标准根据加班情况而定（平日150%，休息日200%，法定节假日300%）。例如，员工上一天休两天，上班当天工作10小时，超出2小时应支付1.5倍加班费，否则违法。

三、员工权益保障方面

• “上一天休两天”不应影响员工的身体健康和生活质量，长期打乱生物钟的排班可能不合理。
• 公司应保障员工的休息权利和其他合法权益，如法定节假日休息、带薪年休假等。若员工提出合理异议，公司应提供合理解决方案，否则排班方式可能存在不合理性。

四、劳动合同约定方面

• “上一天休两天”需在劳动合同或集体合同中明确约定，且该约定不得违反法律法规的强制性规定。若无明确合同约定或违反相关法规，则工作安排不合法。

五、综合建议

1. 对于公司：

   • 在制定排班制度时，应充分考虑劳动法的各项规定，确保合法合规。
   • 关注员工的身心健康和合法权益，避免长期打乱生物钟的排班方式。
   • 与员工充分沟通，确保排班制度得到员工的理解和接受。

2. 对于员工：

   • 了解自己的权益，如遇到违法行为，可依法维护自己的合法权益。
   • 若对排班制度有疑问或担忧，及时与公司沟通协商，寻求合理解决方案。

综上所述，公司安排上一天休两天的工作制度是否合法，需综合考虑多个因素。建议公司在制定排班制度时，务必遵守相关法律法规，确保员工的合法权益得到保障。员工如有疑问或担忧，也可直接向我咨询，我将提供专业的法律意见。