针对您提出的“合作协议没迟到罚款合法吗”这一问题，首先需要明确的是，合作协议中不能直接设定“罚款”条款。这是因为“罚款”本质上是一种行政处罚手段，它带有公权力的属性，只能由具有行政处罚权的行政机关或者法律法规明确授权的组织来实施。

合作协议，作为平等主体之间基于自愿、公平原则所签订的民事合同，其参与各方在法律地位上是完全平等的，并不具备实施行政处罚的权力。因此，在合作协议中直接使用“罚款”这样的表述，不仅是不恰当的，而且在法律上也是无效的。

不过，虽然合作协议中不能直接设定罚款，但您完全可以通过约定违约金等具有类似性质的内容来保障各方的权益。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人有权在合同中约定，当一方出现违约行为时，需要根据违约的具体情况向对方支付一定数额的违约金，或者约定因违约所产生的损失赔偿额的具体计算方法。

违约金，作为一种预先约定的赔偿机制，当一方不履行或者不完全履行合同义务时，违约方需要向守约方支付一定金额的货币。这既是对守约方损失的一种补偿，同时也具有一定的惩罚性质。例如，在合作协议中，您可以与对方约定，如果一方未能在约定的时间内完成某项任务或者交付某项成果，那么每逾期一天，就需要按照未完成部分价值的一定比例向对方支付违约金。

当然，违约金的约定也不是毫无限制的。根据《民法典》的规定，约定的违约金应当合理，既不能过分高于实际造成的损失，也不能过分低于。如果约定的违约金低于实际造成的损失，那么人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；反之，如果约定的违约金过分高于实际造成的损失（一般认为超过损失的30%即为“过分高于”），那么人民法院或者仲裁机构也可以根据当事人的请求予以适当减少。

总的来说，合作协议中虽然不能直接设定罚款条款，但您完全可以通过合理约定违约金等具有类似性质的内容来维护各方的合法权益。同时，在约定违约金时，也请务必确保其合理性和合法性，以避免不必要的法律纠纷。