针对您提出的“合作协议拖欠会罚款吗”这一问题，我为您详细解答如下：

首先，需要明确的是，合作协议中不能直接设定“罚款”条款。这是因为“罚款”本质上是一种行政处罚手段，它带有公权力的属性，只能由具有行政处罚权的行政机关或法律法规授权的组织来实施。而合作协议，作为平等主体之间基于自愿、公平原则签订的民事合同，其合作各方地位是平等的，并不具备实施行政处罚的权力。因此，在合作协议中直接使用“罚款”这一表述，不仅不恰当，而且是没有法律效力的。

然而，这并不意味着合作协议中无法对违约行为进行约束和惩罚。实际上，合作协议中可以合法约定违约金等具有类似性质的内容来保障各方权益。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时，根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，或者约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这种违约金是预先约定的，当一方不履行或不完全履行合同时，由违约方支付给守约方的一定金额的货币，它旨在补偿守约方的损失，并具有一定的惩罚性质。

举个例子来说，在合作协议中，甲乙双方可以约定甲方应在每月10日前向乙方交付一定数量的货物。如果甲方逾期交付，那么每逾期一天，就需要按照未交付货物价值的一定比例向乙方支付违约金。这种约定是合法有效的，当甲方出现违约行为时，乙方就有权依据该条款要求甲方支付违约金。

当然，违约金的约定也不是随意的。《民法典》规定，约定的违约金应当合理，不得过分高于或低于实际造成的损失。如果约定的违约金低于造成的损失，人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；如果约定的违约金过分高于造成的损失（一般认为超过损失的30%即为“过分高于”），人民法院或仲裁机构也可以根据当事人的请求予以适当减少。

最后，需要强调的是，合作协议的本质是明确合作各方之间的权利、义务和关系。当一方违约时，我们首先应该查看协议中是否有关于违约责任的约定，比如支付违约金等。如果协议中没有相关约定，那么我们就可以依据法律规定来追究对方的违约责任。

综上所述，合作协议中虽然不能直接设定罚款条款，但我们可以通过约定违约金等具有类似性质的内容来维护各方的合法权益。同时，违约金的约定也应当合理且符合法律法规的规定。