合作协议中不能直接设定“罚款”条款。因为罚款是一种具有公权力属性的行政处罚手段，它只能由具有行政处罚权的行政机关或法律法规授权的组织来实施。而合作协议是平等主体之间，基于自愿和公平原则所签订的民事合同，合作各方的地位是平等的，不具备实施行政处罚的权力。所以，在合作协议中直接使用“罚款”这一表述是不恰当的，也不具有法律效力。

不过，虽然不能直接设定罚款，但合作协议中可以合法约定违约金等具有类似性质的内容，以此来保障各方的权益。违约金是预先约定的，在一方不履行或不完全履行合同时，由违约方支付给守约方的一定金额的货币，它旨在补偿守约方的损失，并带有一定的惩罚性质。

例如，在合作协议中，可以明确约定某一方应在特定时间内完成某项任务，若逾期未完成，则需按照一定比例或固定金额向另一方支付违约金。这样的约定是合法有效的，当违约行为发生时，守约方有权依据该条款要求违约方支付违约金。

但请注意，违约金的约定应合理，不得过分高于或低于实际造成的损失。如果约定的违约金低于造成的损失，人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；而如果约定的违约金过分高于造成的损失（一般认为超过损失的30%即为“过分高于”），人民法院或仲裁机构也可以根据当事人的请求予以适当减少。

总的来说，合作协议的本质是明确合作各方之间的权利、义务和关系。在签订合作协议时，应合理约定违约责任，以确保各方的合法权益得到有效保障。当一方违约时，可以依据协议中的约定或相关法律规定来追究对方的违约责任。