公司对协议员工罚款的合法性需根据具体情况判断，一般情况下不合法，但在特定条件下可能合法。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况下的不合法性
法律依据的缺失：
- 自2008年1月15日《企业职工奖惩条例》废止后，我国法律未再明确赋予用人单位对劳动者进行罚款的权力。因此，除非有特别规定或劳动合同中的明确约定（且该约定不违反法律强制性规定），否则公司对员工罚款通常被视为不合法。
公司规章制度的要求：
- 根据《劳动合同法》，公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。若公司未经此民主程序制定包含罚款内容的规章制度，则该规章制度不合法，依据其进行的罚款也不合法。
- 即使规章制度经过了民主程序，若其中罚款规定违反法律、法规强制性规定（如罚款数额过高，严重影响员工基本生活），也是无效的。
二、特殊情况下的合法性
劳动合同中的明确约定：
- 如果劳动合同中明确约定了员工在违反某些规定时需要承担罚款责任，且该约定不违反法律强制性规定（如罚款数额合理，不影响员工基本生活），那么在这种情况下，公司对员工进行罚款可能是合法的。但需要注意的是，这种约定必须明确、具体，且经过员工同意。
赔偿经济损失：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，若劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。此时，可从劳动者工资中扣除赔偿金额，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这种情况下的扣除工资是基于员工对单位造成的实际损失而承担的赔偿责任，与一般的罚款性质不同，且有明确的扣除比例和底线限制。
三、员工权益保护
- 若员工认为公司罚款行为不合法，首先可与公司协商解决；协商不成时，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，员工需要提供相关证据证明公司的罚款行为不合法，如公司规章制度、劳动合同、罚款通知等。
四、实际建议
- 对于公司：在制定规章制度或劳动合同中涉及罚款条款时，应确保条款的合法性、合理性和明确性，并经过民主程序讨论和协商。同时，应避免过度罚款，以免影响员工的基本生活和积极性。
- 对于员工：在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是涉及罚款的部分。如果认为合同中的罚款条款不合法或不合理，可以与公司进行协商修改。如果公司坚持执行不合法或不合理的罚款条款，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
综上所述，公司对协议员工罚款的合法性需根据具体情况判断。在大多数情况下，由于法律未赋予公司罚款权力，且公司规章制度制定程序和内容需严格遵守法律规定，因此罚款行为往往被视为不合法。然而，在特定情况下（如劳动合同中的明确约定或员工因个人原因给公司造成经济损失），公司可能有权对员工进行罚款。员工在面对公司罚款时，应了解自己的合法权益，并采取适当措施进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。