结论前置：公司与公司之间签订协议约定罚款条款是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若罚款条款属于违约金性质
   根据《民法典》第五百八十五条，当事人可约定一方违约时向对方支付一定数额的违约金。若协议中的“罚款”实为对违约行为的补偿约定（如延迟交货按日支付违约金），且金额未显著超过实际损失的30%，则该条款合法有效。但需注意：

   • 违约金过高时，违约方可请求法院或仲裁机构调整；
     
   • 违约金与赔偿损失不能同时主张，需择一适用。

2. 若罚款条款属于行政处罚性质
   若协议中约定的“罚款”具有行政处罚特征（如对违规行为直接处以罚款，且无补偿性质），则该条款可能因以下原因无效：

   • 主体不适格：根据《行政处罚法》，仅行政机关或法律授权的组织可实施行政处罚，企业无权行使；
     
   • 目的违法：若罚款目的非补偿损失，而是惩罚性措施，可能违反“公平原则”和“损失填补原则”。

3. 若罚款条款涉及格式条款
   若协议为格式合同（如一方预先拟定且未与对方协商），需符合《民法典》第四百九十六条至第四百九十八条的规定：

   • 罚款条款需以合理方式提示对方注意（如加粗、下划线）；
     
   • 不得免除己方责任、加重对方责任或排除对方主要权利，否则可能被认定无效。

实务建议：

• 明确条款性质：建议将“罚款”改为“违约金”，并约定计算方式（如按合同总额的百分比或实际损失）；
  
• 限制金额上限：可约定“违约金不超过合同总金额的20%”，避免被认定为“过高”；
  
• 保留证据：若发生违约，需留存损失证明（如发票、第三方评估报告），以支持违约金主张。

若有具体协议条款或案例细节，可进一步向我咨询，我会结合协议内容提供针对性分析。