结论前置：员工没有签纸质合同，但系统上做了备案，这一行为本身并不直接构成违法，但可能因未签订书面劳动合同而面临法律风险。以下从不同角度进行分析：

1. 法律对劳动合同形式的要求：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十条的规定，建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。这意味着，从法律形式上讲，劳动合同应当采用书面形式，以明确双方的权利和义务。
   • 然而，法律并未明确规定劳动合同必须采用纸质形式。在数字化时代，电子合同、系统备案等方式也逐渐被接受，但关键在于这些电子形式是否能够满足法律对书面合同的要求，即能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用。

2. 系统备案的法律效力：

   • 系统备案本身并不等同于书面劳动合同。它可能作为劳动关系存在的一种证据，但不足以单独证明双方已经签订了符合法律要求的书面劳动合同。
   • 如果系统备案的内容详细、完整，且能够清晰地反映双方的权利和义务，那么在一定程度上，它可能被视为书面劳动合同的一种替代形式。但这需要具体案件具体分析，且并非所有情况下都能被法院认可。

3. 未签订书面劳动合同的法律后果：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条的规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
   • 这意味着，如果用人单位仅在系统上做了备案，而未与员工签订书面劳动合同，那么用人单位可能面临支付双倍工资的法律风险。

4. 建议与措施：

   • 对于用人单位：为了避免法律风险，建议用人单位与员工签订书面劳动合同，并确保合同内容合法、有效。如果确实需要采用电子形式或系统备案，应确保这些形式能够满足法律对书面合同的要求，并保留好相关证据。
   • 对于员工：如果发现自己未与用人单位签订书面劳动合同，但系统上做了备案，可以与用人单位沟通协商，要求签订书面合同。如果用人单位拒绝或拖延，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

总结：虽然系统备案本身不直接构成违法，但用人单位应重视书面劳动合同的签订，以避免可能的法律风险。员工也应关注自己的劳动合同签订情况，确保自己的权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。