机关单位长期病假人员一般不能随意扣体检费，但具体是否扣费需根据单位规章制度及实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
法律法规层面：
- 目前，我国并没有直接针对机关单位长期病假人员体检费扣除问题的明确法律规定。体检费是否扣除，通常不是由国家法律法规直接规定，而是由单位根据自身规章制度来决定。
- 然而，如果单位规章制度中明确规定了长期病假人员需承担体检费用，且该规章制度经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）、公示或告知了员工，并且内容不违反法律法规的强制性规定，那么该规章制度对员工是具有约束力的。
单位规章制度层面：
- 机关单位通常会制定一系列规章制度来规范员工的行为和福利待遇，包括体检费用的承担问题。如果单位规章制度中明确规定了长期病假人员需承担体检费用，且该规定合法合规，那么单位有权按照规章制度扣除体检费。
- 如果单位规章制度中没有相关规定，或者规定不明确，那么单位通常不能随意扣除长期病假人员的体检费。在这种情况下，如果单位扣除了体检费，员工有权向单位提出异议，并要求单位退还扣除的费用。
实际情况与合理性层面：
- 即使单位规章制度中规定了长期病假人员需承担体检费用，也需要考虑该规定的合理性。例如，如果长期病假人员因病无法参加体检，或者体检对其健康状况没有实际意义，那么扣除体检费可能显得不合理。
- 另外，如果长期病假人员的病假是由于工作原因造成的（如工伤），那么根据相关法律法规，单位应当承担其医疗费用和相关的福利待遇，包括体检费用。在这种情况下，单位扣除体检费是违法的。
建议：
- 对于机关单位长期病假人员来说，如果单位扣除了体检费，首先应当查看单位的规章制度，了解是否有相关规定。
- 如果规章制度中没有相关规定或规定不明确，或者认为扣除体检费不合理，可以向单位提出异议，并要求单位退还扣除的费用。
- 如果与单位协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
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