事业单位工作人员长期休病假，工资是否会被扣除，需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：

一、病假期间的工资支付原则

根据相关规定，事业单位工作人员病假期间的工资支付，通常遵循以下原则：

1. 基本工资保障：在病假期间，工作人员的基本工资（如岗位工资、薪级工资等）一般应得到保障，不会因病假而被全额扣除。
2. 绩效工资调整：绩效工资部分可能会根据病假时长和单位规定进行适当调整。长期病假可能影响绩效工资的发放，但具体调整幅度需依据单位内部规章制度。

二、病假时长与工资扣除的关系

1. 短期病假：对于短期病假（如几个月以内），通常不会扣除工资，或者仅扣除部分绩效工资。具体扣除比例需参照单位规定。
2. 长期病假：对于长期病假（如超过六个月），根据相关规定，病假期间工资可能会按照一定比例发放。例如，病假超过六个月的，从第七个月起，工作年限不满十年的，发给本人工资的70%；工作年限满十年和十年以上的，发给本人工资的80%。但这一比例并非绝对，具体还需根据单位规章制度和地方政策来确定。

三、单位规章制度与地方政策的影响

1. 单位规章制度：不同事业单位可能根据自身情况制定了不同的病假工资支付制度。因此，在判断工资是否会被扣除时，需首先查阅单位的相关规章制度。
2. 地方政策：地方政策也可能对病假工资支付产生影响。例如，某些地区可能出台了更具体的病假工资支付标准或补贴政策。

四、实际操作建议

1. 查阅单位规章制度：在休病假前，建议查阅所在单位的规章制度，了解病假工资支付的具体规定。
2. 咨询人事部门：如有疑问，可向单位的人事部门咨询，以获取更准确的解答。
3. 保留相关证据：在休病假期间，建议保留好医院出具的病假证明等相关证据，以备不时之需。

举例说明：假设某事业单位工作人员小张因病需要长期休病假，他首先查阅了单位的规章制度，发现病假超过六个月时，工资将按照工作年限发放一定比例。小张工作年限已满十年，因此根据规定，从第七个月起，他将获得本人工资的80%。同时，他还咨询了单位的人事部门，确认了这一规定的具体执行方式。

总结与建议：事业单位工作人员长期休病假时，工资是否会被扣除需视具体情况而定。建议休病假前查阅单位规章制度、咨询人事部门，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。