若你申请劳动仲裁后公司主动与你协商处理，可按以下步骤应对：

1. 明确公司处理方案内容
   首先要求公司出具书面处理方案，明确具体条款（如赔偿金额、支付时间、劳动关系解除方式等）。若公司仅口头承诺，需坚持要求书面文件，避免后续争议。例如：若涉及经济补偿，需核对计算基数（如离职前12个月平均工资）及补偿月数是否符合《劳动合同法》第46-47条；若涉及加班费，需确认是否包含所有未支付加班时段及计算标准（工作日1.5倍、休息日2倍、法定节假日3倍）。

2. 评估方案合法性与合理性
   将公司方案与劳动仲裁申请诉求对比，判断是否满足核心诉求。若方案低于法定标准（如未足额支付工资、违法解除赔偿金计算错误），可拒绝并坚持仲裁程序；若方案基本合理但存在细微差异（如补偿金多给1个月作为协商补偿），可结合自身需求决定是否接受。例如：若你主张违法解除赔偿金2N，公司提出N+1，若N+1已覆盖你的实际损失，可考虑接受以快速解决纠纷。

3. 选择处理路径

   • 接受方案并撤诉：若完全同意公司方案，需向劳动仲裁委员会提交《撤回仲裁申请书》，并要求公司在协议中明确“双方劳动关系争议已彻底解决，无其他争议”，避免公司后续反悔。
     
   • 部分接受并修改方案：若对部分条款有异议（如支付时间、赔偿项目），可与公司协商修改协议，修改后需重新确认协议效力。例如：若公司原方案要求分期支付但未约定逾期责任，可要求增加“若逾期未支付，需按未支付金额的日万分之五支付违约金”。
     
   • 拒绝方案并继续仲裁：若方案明显不合法或未满足核心诉求（如公司拒绝支付加班费且无合理理由），应拒绝协商，等待仲裁庭开庭审理。此时需提前整理证据（如考勤记录、工资条、劳动合同等），确保仲裁阶段能充分举证。

4. 签订书面协议并履行
   若最终达成一致，务必签订书面《和解协议》或《调解协议》，协议中需明确：

   • 双方主体信息（姓名/名称、身份证号/统一社会信用代码）；
     
   • 争议事项（如未支付工资、未缴社保等）；
     
   • 具体处理方案（金额、支付时间、支付方式）；
     
   • 违约责任（如公司未按期支付需承担的违约金）；
     
   • 争议解决方式（如约定“若发生争议，任何一方可向公司所在地法院起诉”）。
     协议签订后，需按约定履行（如公司支付款项、你办理离职手续等），若一方违约，另一方可依据协议向法院起诉或申请强制执行。

提示：若对方案合法性存疑，可随时向我咨询，我会结合具体条款帮你分析风险。