结论：单位在发出旷工开除通知后，双方又协商取消了旷工处理，一般情况下单位不能再以此为由追究员工的旷工责任，但具体还需根据协商的具体内容、双方行为及法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：
一、协商取消旷工处理的法律效果
合同变更或解除的角度：
- 如果单位与员工就旷工处理达成了新的协议，且该协议明确取消了之前的旷工开除通知，那么这可以视为双方对原劳动合同或相关处理决定的变更或解除。
- 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更或解除应当遵循平等自愿、协商一致的原则。因此，一旦双方达成新的协议，且该协议不违反法律法规的强制性规定，那么该协议即具有法律效力，双方应当遵守。
行为效力的角度：
- 单位发出旷工开除通知后，如果员工返岗并与单位进行了协商，且协商结果为取消旷工处理，那么这可以视为单位对其之前行为的撤销或修正。
- 在这种情况下，除非单位能够证明员工存在其他严重违反规章制度的行为，否则单位一般不能再以之前的旷工为由追究员工的责任。
二、可能存在的例外情况
协商内容不明确或存在欺诈、胁迫：
- 如果双方在协商过程中，协商内容不明确，或者一方存在欺诈、胁迫等行为，导致另一方在违背真实意思的情况下达成了协议，那么该协议可能无效或可撤销。
- 在这种情况下，如果单位能够证明其之前发出的旷工开除通知是合法有效的，且员工确实存在旷工行为，那么单位可能仍然有权追究员工的旷工责任。
员工后续行为再次违反规章制度：
- 即使双方协商取消了之前的旷工处理，但如果员工在返岗后再次出现严重违反规章制度的行为，单位仍然有权根据规章制度对员工进行处理。
- 在这种情况下，单位追究员工的责任将基于员工新的违规行为，而非之前的旷工行为。
三、法律建议
对于员工：
- 如果收到单位的旷工开除通知，但认为该通知不合法或不合理，可以及时与单位进行协商，争取取消或修改该通知。
- 在协商过程中，应当保留好相关证据，如协商记录、返岗证明等，以备不时之需。
- 如果协商无果，且认为单位的处理决定侵犯了自己的合法权益，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
对于单位：
- 在发出旷工开除通知前，应当确保该通知的合法性和合理性，避免因为程序或实体上的瑕疵而导致通知无效。
- 如果与员工协商取消旷工处理，应当明确协商的内容和结果，并签订书面协议，以避免后续产生纠纷。
- 在处理员工违规行为时，应当遵循法律法规和规章制度的规定，确保处理的公正性和合法性。
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