结论：能否要回被扣的房租，取决于工资与房租抵扣的约定性质、是否合法以及辞职的具体情况。以下分情况详细说明：
一、若工资与房租抵扣的约定合法且有效
约定合法性判断：
- 如果双方在劳动合同或相关协议中明确约定了工资中扣除一部分作为房租，且该约定不违反法律法规的强制性规定（如不低于当地最低工资标准等），则该约定是合法有效的。
辞职后房租处理：
- 在这种情况下，如果你辞职，且已经按照约定享受了房租抵扣的福利，那么工厂扣除房租作为工资的一部分是合理的，你通常无法要求返还这部分被扣除的房租。
二、若工资与房租抵扣的约定不合法或无效
约定不合法情形：
- 如果双方约定的工资扣除房租的方式违反了法律法规的强制性规定，如扣除后的工资低于当地最低工资标准，或者该约定是在你不知情、未同意的情况下单方面作出的，则该约定可能是不合法或无效的。
辞职后房租返还请求：
- 在这种情况下，你有权要求工厂返还被非法扣除的房租。你可以先与工厂进行协商，如果协商不成，可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
三、其他注意事项
证据收集：
- 无论哪种情况，你都应该尽可能收集相关证据，如劳动合同、工资条、房租抵扣的约定等，以便在需要时证明自己的权益。
法律途径选择：
- 如果与工厂协商无果，你可以根据具体情况选择向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等法律途径来解决问题。在选择法律途径时，建议你根据自己的实际情况和需求进行选择，并咨询专业律师的意见。
建议：如果你对工厂扣除房租的行为有异议，或者不确定自己的权益是否受到侵害，建议你直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议和帮助。