企业主要负责人因本人违反劳动纪律在生产中死亡，主要涉及责任认定、工伤保险待遇及企业后续管理三个核心问题，具体处理方式如下：

1. 责任认定与法律后果
   根据《安全生产法》及《劳动合同法》，企业主要负责人作为安全生产第一责任人，若因本人故意违反劳动纪律（如违规操作、未履行安全职责等）导致死亡，其自身需承担主要过错责任。但需注意：

   • 企业责任不因个人过错完全免除：若企业未提供必要劳动保护、未履行安全培训义务或存在制度漏洞，仍可能因未尽到安全管理职责被追究行政责任（如罚款、停产整顿）或民事赔偿责任（如对死者家属的补偿）。
     
   • 刑事责任例外：若负责人行为构成重大责任事故罪（《刑法》第134条），但因其已死亡，刑事责任终止，企业其他责任人员（如安全管理人员）若存在共犯情形，仍可能被追责。

2. 工伤保险待遇的适用性
   根据《工伤保险条例》第16条，职工因“故意犯罪、醉酒或吸毒、自残或自杀”导致的伤亡不认定为工伤。但需严格区分“违反劳动纪律”与上述情形：

   • 若违反纪律行为不构成故意犯罪或自伤自残（如未佩戴安全帽、违规操作但无主观故意伤害自身），仍应认定为工伤，家属可享受丧葬补助金、供养亲属抚恤金及一次性工亡补助金。
     
   • 若存在故意或重大过失（如明知操作危险仍强行作业），部分地区司法实践中可能酌情减少工伤保险待遇，但企业仍需承担法定赔偿部分。

3. 企业后续管理建议

   • 内部追责与制度完善：企业应依据内部规章制度对负责人违规行为进行追责（如扣发奖金、通报批评），但需注意程序合法性（如经职工代表大会或工会同意）。同时需修订安全管理制度，明确各级人员职责，避免类似风险。
     
   • 家属协商与舆情应对：企业应主动与家属沟通，说明责任认定及赔偿依据，避免纠纷升级。若涉及公众关注（如化工、建筑等高风险行业），需及时公开处理进展，维护企业形象。
     
   • 合规培训与风险防控：加强全员安全培训，重点强化负责人安全意识，定期开展应急演练，确保生产流程符合《安全生产法》及行业规范。

提示：具体案件需结合违规行为性质、企业安全管理漏洞及地方司法实践综合判断。若涉及复杂责任划分或赔偿争议，建议提供详细案情后进一步分析。